Середина XVI века. В период игуменства Филиппа (Колычева) на Большом Заяцком острове «монастырскими людьми да игумновыми наймитами», которые промышляли здесь для монастыря, были сооружены каменные гавань, палата и поварня. В конце этого же века сюда была перенесена деревянная часовня с Большого Соловецкого острова, построенная стрельцами во время известного «Соловецкого сидения».
1702 год. Во время посещения Соловецкого монастыря Петром I его указом часовня была перестроена в церковь и освящена во имя апостола Андрея Первозванного. Считается, что именно здесь впервые был освящен Андреевский флаг.
Современный вид церкви отличается от первоначального облика — она разрушалась, перестраивалась, в советское время пережила продолжительный период запустения, в конце XX века здесь возобновились богослужения и на сегодняшний день церковь является знаковым местом для истории российского государства.
