Учился Миша в деревенской школе, а в 10 лет стал гимназистом в Елецке. Усердия в ученичестве не проявлял. За шесть лет Михаил окончил всего четыре класса. Плохая успеваемость стала причиной того, что мальчика в третий раз оставили на второй год. Когда же он повздорил с учителем, то его отчислили.
После этих событий мать отправила младшего сына к дяде в Тюмень. Купец Иван Игнатов думал, что племянник сможет продолжить его дело. Михаил к 20 годам окончил Александровское реальное училище и стал студентом политехнического вуза в Риге.
В 1900 году, уступив настояниям матери, уехал учиться в Германию. После нескольких месяцев занятий в Лейпцигской торговой школе Пришвин перешёл в университет, куда его зачислили с 18 апреля 1901 года. В течение летнего семестра слушал лекции Геккеля в Йенском университете. Увлечённо читал книги по философии: «Пролегомены» Канта, «Этюды» Спинозы, «По ту сторону добра и зла» и особенно «Так говорил Заратустра» Фридриха Ницше. С увлечением занимался в лаборатории физикохимика и философа В. Д. Оствальда, будущего Нобелевского лауреата.
Весной 1902 года Пришвин получил диплом инженера-землеустроителя и вернулся на родину.