Роман Алифанов, более известный, как автор дистрибутива Ximper Linux, подсказал, как настроить flameshot на wayland gnome. Я настроил и протестировал на своём Endeavour OS GNOME.
script --command "flameshot gui" /dev/null
Сам файл с настройкой, либо качаем по ссылке, либо делаем сами:
[Desktop Entry]
Name=flameshot
Icon=flameshot
Exec=script --command "flameshot" /dev/null
Terminal=false
Type=Application
X-GNOME-Autostart-enabled=true
Кладём его по пути: /home/regroot/.config/autostart
Вместо regroot будет ваш пользователь.