Роман Алифанов, более известный, как автор дистрибутива Ximper Linux, подсказал, как настроить flameshot на wayland gnome. Я настроил и протестировал на своём Endeavour OS GNOME. Сам файл с настройкой, либо качаем по ссылке, либо делаем сами: Кладём его по пути: /home/regroot/.config/autostart Вместо regroot будет ваш пользователь. Видео пример.