Фрэнсис Бин Кобейн с 2010 года встречалась с музыкантом Исайей Силвой из калифорнийской группы The Eeries. СМИ наперебой писали, что она нашла себе парня, похожего внешне на отца. В 2014 году пара решила пожениться. Свадьба была тайной, на нее пригласили только самых близких друзей.
Кортни Лав о торжестве не знала, но накануне этого события они с дочерью помирились после пятилетней ссоры. История отношений Кортни и Фрэнсис непростая: певица неоднократно теряла опеку над дочерью, бывали моменты, когда Фрэнсис отказывалась с ней жить.
Через два года единственная наследница солиста «Нирваны» подала на развод, ссылаясь на непримиримые разногласия. Она посчитала, что Исайя женился на ней только ради состояния, которое девушке завещал отец. Силва же утверждал, что отношения дали трещину из-за того, что Фрэнсис употребляла наркотики, которые ей якобы поставлял менеджер матери.
У бывших влюбленных разгорелся имущественный спор вокруг гитары Курта, на которой тот играл во время концерта MTV Unplugged в 1993 году. Исайя заявлял, что Фрэнсис ему этот музыкальный инструмент подарила, она же не соглашалась. Но суд встал на сторону Силвы, также обязав девушку выплачивать бывшему мужу на протяжении четырех месяцев алименты на сумму 12 тысяч долларов. Уже после развода Исайя Силва обвинил бывшую тещу в попытке его похищения и убийства с целью завладеть гитарой фронтмена «Нирваны».
В 2017-м Кобейн начала встречаться с гитаристом инди-группы The Ceremonies Мэттью Куком. Впервые их заметили вместе в художественной галерее Лос-Анджелеса, где Фрэнсис проводила свою первую персональную выставку. Молодые люди не скрывали чувств от публики и регулярно публиковали совместные романтические фото. Неизвестно почему, но молодые люди расстались. Они были почти два года вместе.
После годичного перерыва от соцсетей Фрэнсис в январе 2022-го вернулась туда и выставила фото с сыном известного американского скейтбордиста Тони Хоука Райли, подтвердив их отношения. «2021 год привел меня в настоящее, как никогда раньше, за что я ему очень благодарна», – делилась художница.
Райли Хоук – тоже профессиональный скейтбордист. В октябре 2023 года влюбленные поженились. Свадебная церемония состоялась в Лос-Анджелесе, а ее ведущим стал вокалист рок-группы R.E.M Майкл Стайп, который является крестным отцом Фрэнсис. Тони Хоук одобряет выбор сына. Поздравляя его с 31-летием он писал, что рад тому, что Райли нашел любовь своей жизни.