Сюжет повествует о Саймоне Джаррете. Наш главный герой попадает в автокатастрофу, в которой получает серьёзные травмы головы. Зная, что такие травмы редко проходят сами, он решает пройти экспериментальное сканирование головного мозга, в надежде, что врачи смогут найти эффективный метод лечения. Но всё идёт не по плану: внезапная вспышка света ослепляет нас, вслед идёт потеря сознания, и вот мы оказываемся в совершенно другом месте, находящемся глубоко, очень глубоко под водой.
Soma представляет собой научно-фантастический хоррор с глубоким философским сюжетом. На протяжении длительного времени нам предстоит находиться на подводных станциях, решать головоломки и находить ключевые предметы. Задачи станут сложнее из-за отсутствия карты и интерфейса в игре. Тем не менее, это ещё больше усилит погружение в отдалённую и опасную среду. Во многом нам поможет омни-инструмент, который с лёгкостью откроет закрытые двери и шлюзы, а также позволит вести диалог с учёным в рамках сюжета. Кроме того