В 1584, после смерти Ивана IV, его наследником стал сын Федор I (правил в 1584–1598), который препоручил государственные дела и повседневные тяготы правления в России своему шурину, опричнику Борису Годунову (1552–1605). Борис, как опекун Федора, имел свой отдельный двор и многое сделал для учреждения патриаршества в Русской православной церкви (1589). У Федора I не было детей, и когда в 1591 при невыясненных обстоятельствах погиб его младший брат Дмитрий, династия Рюриковичей пресеклась. Борис оставался опекуном до смерти Федора в 1598, а затем специально созванный Земский собор избрал на царствование Бориса.
Царствование Бориса (1598–1605) было омрачено неурожаями, голодом и эпидемиями, в чем народу виделись признаки Божьего гнева на узурпацию Годуновым царской власти. После удаления от власти бояр, которых он считал заговорщиками, Борис вынужден был отражать вторжение, предпринятое в 1604 королем Польши и спровоцированное самозванцем, который объявил себя спасшимся царевичем Дмитрием. Вскоре к полякам присоединились казаки Малороссии и Дона. Царь внезапно скончался в 1605, а его войска перешли на сторону самозванца. Недовольные правлением Бориса бояре убили жену и сына царя, Федора II, и после взятия в июне 1605 поляками Москвы возвели на престол Лжедмитрия.
После смерти Бориса Годунова в России начался период Смутного времени (1605–1613) – соперничества боярских семейств в борьбе за престол. 17 мая 1606 Лжедмитрий был убит заговорщиками, и на троне оказался руководитель заговорщиков, представитель могущественного рода бояр Шуйских – Василий. Он подавил крестьянское восстание Ивана Болотникова, также объявившего себя царевичем Дмитрием, а в 1610 был смещен. Последовали два с половиной года польской оккупации и правления «семибоярщины» (боярского правительства из 7 человек); наконец, в 1613 собрался Земский собор, избравший на царствование Михаила Романова.
В царствование Михаила Романова (1613–1645) и позже русские землепроходцы Василий Поярков и Ерофей Хабаров достигли Тихого океана близ устья Амура, создав опорные пункты для освоения Дальнего Востока. После Михаила на престол взошел его сын Алексей (правил в 1645–1676). Хотя процесс закрепощения русских крестьян происходил в течение веков, именно в созданном при Алексее кодексе законов (Соборное Уложение, 1649) впервые было записано, что крепостная зависимость передается по наследству. Ответом крестьян на закрепощение было восстание донского казака Степана Разина (1667–1671).
Другим важным событием этого времени был церковный раскол, который начался в 1653. Следовавшие за протопопом Аввакумом старообрядцы отвергали реформы патриарха Никона, видя в них отход от православия. Хотя реформы Никона диктовались его борьбой за власть, раскол имел долгосрочные последствия и оставил глубокий след в самосознании русского народа.
