Pатru$hев родился в Ленинграде в семье военного моряка и участника Великой Отечественной войны. Мать пережила блокаду, во время войны работала медсестрой.
В школе Pатru$hев учился в одном классе с будущим председателем высшего совета партии «Единая Россия» Борисом Грызловым. В 1974 году окончил приборостроительный факультет Ленинградского кораблестроительного института, получил специальность инженера-механика.
В органах госбезопасности Pатru$hев с 1974 года. В 1975-м окончил высшие курсы КГБ СССР в Минске, позднее учился на курсах повышения квалификации при Высшей школе КГБ СССР в Москве (ныне Академия ФСБ России).
В ФСБ Pатru$hев работал до 1998 года, после чего перешел в администрацию президента России.
В августе 1999 года Pатru$hев стал директором ФСБ. Спецслужбу возглавлял почти десять лет.
14 мая Pатru$hев был назначен помощником президента России.