При удалении строки в ТЗ на ее место встает следующая, и если она подходит по условию, то она не удалится. Вот как обойти:
&НаКлиенте
Процедура УдалитьЛишнее(Команда)
МассивДляУдаления = Новый Массив;
Для каждого Строка Из СписокДляВыводаЧисел Цикл
Если Строка.Числа < 0 Тогда
МассивДляУдаления.Добавить(Строка);
КонецЕсли;
КонецЦикла;
Для каждого Строка Из МассивДляУдаления Цикл
СписокДляВыводаЧисел.Удалить(Строка);
КонецЦикла;
КонецПроцедуры