В конце 1570 — х годов испанский монарх Филипп II устремил свой взор на ближайшего соседа — Португалию.
В 1578 году во время сражения с Марокканским султанатом погиб король Португалии Себастьян I. После его смерти страна крайне ослабла в военном и политическом плане, а правящая в Португалии Ависская династия оказалась на грани угасания. Преемником Себастьяна стал престарелый и бездетный кардинал Энрике.
Предвидя свою скорую кончину и беспокоясь о будущем Португальской империи новоиспечённый монарх выбрал 5 людей, которые станут членами регентского совета после его смерти и определят следующего короля.
Филипп II мог претендовать на новые территории, так как по материнской линии имел родственные связи с Португальским королевским домом, а также щедро одаривал португальскую знать подарками.
В январе 1580 года король Энрике скончался после полуторогодового правления. По решению регентского совета новым обладателем земель Португалии становился испанский монарх Филиппа II, как наиболее близкий и при этом наиболее предпочтительный для страны. Однако, спустя полгода группа националистов, нежелавших подчиняться Испании объявила королём приора мальтийских рыцарей дона Антонио, который происходил из Ависской династии, но был незаконнорожденным.
Чтобы усмирить португальских националистов Филипп II направил армию во главе с герцогом Альба. Уже 25 августа испанская армия разгромила дона Антонио в сражении при Алькантаре, а через 2 дня захватила Лиссабон, после бегства Антонио во Францию. 25 марта 1581 года Филипп II короновался в Португалии под именем «Фелипе I» и заключил Иберийскую унию между Испанией и Португалией.
После присоединения Португальской империи Филипп II собрал новые войска для очередного похода в Соединённые провинции. Армию возглавил возглавил племянник Филиппа — Алессандро Фарнезе. За 2 года он завоевал основную часть Фландрии и Брабант, а также значительную часть северо — восточных провинций. Испанские командиры повсюду восстанавливали католичество и подвергали протестантов пыткам и казням.
Главным врагом Филиппа оставался ненавидимый и объявленный им вне закона Вильгельм I Оранский. Было решено ликвидировать лидера голландского сопротивления. Этот план согласился выполнить католический фанатик Бальтазар Жерар. 10 июля 1584 года Жерар пробрался во дворец Вильгельма и спрятался в тёмном углу лестницы. Поздним вечером герцог Оранский спустился по этой лестнице и остановился. В этот момент Жерар выстрелил в него из пистолета и бросился бежать, но был пойман и позже казнён. Рана Вильгельма Оранского оказалась смертельной, и он мгновенно скончался.
Смерть лидера крупного революционного движения вызвала у голландского народа ещё больную ненависть к испанским солдатам. Через год после убийства Вильгельма Алессандро Фарнезе захватил Антверпен, в результате чего более половины его населения бежало на север. После падения Антверпена часть испанских войск была стянута к границам с Соединённым провинциями, а оставшиеся солдаты вернулись домой.
Новой проблемой международных отношений становился назревавший конфликт между Испанией и Англией.
Английские приватиры на протяжении десятков лет грабили и топили испанские суда, которые возили деньги из американских колоний. В 1582 году из — за грабежей испанцы потеряли более 2 млн. дукатов. Кроме того, королева Англии Елизавета I прддерживала восстание голландцев против испанского владычества и являлась протестанткой.
Филипп II посчитал своим долгом помочь английским католикам, а потому в 1586 году по его указу начинается строительство «Непобедимой армады» — крупного военного флота из 130 кораблей. После окончания приготовлений военный флот отправляется в пролив Ла — Манш. По плану испанские моряки должны были высадиться в графству Эссекс, после чего начать марш на столичный город Лондон. 8 августа 1588 года «Непобедимая армада» столкнулась в бою с английскими кораблями близ Гравелина. Атаку англичан возглавил адмирал Фрэнсис Дрейк: под его командованием артиллерия начала расстреливать испанские судна из пушек. Испанские адмиралы не могли дать достойный ответ противнику, ведь выяснилось, что испанская артиллерия гораздо меннее эффективна, чем английская. Морская канонада длилась около девяти часов и кончилась победой Англии.
Испанские корабли пустились в бега и лишь спустя 1,5 месяца смогли вернуться на родную землю, так как у моряков отсутствовали навигационные карты. Было потеряно 3/4 личного состава и половина кораблей. Несмотря на поражение, Филипп II отказался от заключения мира с Англией, и до конца его правления Испания периодически подвергалась нападениям со стороны аннлийского флота. Казна Испании оказалась сильно истощена ввиду долгой войны с Нидерландами и кататстрофического разгрома испанского флота. Сокращение промышленного производства привело к упадку промышленности: испанские товары имели высокую цену на европейском рынке, но существенно уступали по качеству продуктам из других стран. В 1596 году испанский король в чётвертый раз за всё своё правление объявил о дефолте по кредитам.
13 сентября 1598 года Филипп II скончался в возрасте 71 года от мучительной болезни — подагры, сопровождаемой лихорадкой. После смерти Филиппа его трон унаследовал единственный оставшийся сын — Филипп III.