В 1882 году Фёдор Петрович Литке удостоился звания полного адмирала. Под его руководством произошёл значительный рост научных учреждений, таких как обсерватории и музеи, а также были введены новые премии, стимулирующие работы одарённых учёных. Множество выдающихся личностей русской науки XIX века начали свою карьеру именно в тот практически двадцатилетний период, когда Литке занимал пост президента Академии наук.
Фёдор Петрович, обладатель 15 российских орденов, скончался 8 августа 1882 года (по новому стилю — 20-го). Его останки покоятся в семейном захоронении на Волковском лютеранском кладбище. В 2001 году могила Литке была признана объектом федеральной охраны.
Фёдору Петровичу повезло прожить долгую жизнь в компании своей жены Роди. Он внес значительный вклад в развитие отечественной географии и мореплавания, а также заложил основы для множества арктических исследований. Начав с плаваний на парусниках, последние годы жизни он провёл в эпоху пароходов. Его имя до сих пор возвышается в топографических названиях, научных наградах, морских судах и даже на Луне, где один из кратеров назван в его честь.