В этой статье я расскажу о 5 основных этапах написания литобзора и приведу команды для ChatGPT, которые помогут вам с каждым шагом. А в конце статьи вы найдете ссылки на полезные ресурсы, чтобы улучшить ваши навыки анализа медицинской литературы.
1. Сформулируйте цель литературного обзора и выделите ключевые слова
Прежде чем начать, убедитесь, что у вас есть четкое понимание вашей темы и конкретных вопросов, которые вы хотите осветить.
Как правило в области медицинских исследований литературный обзор — это первый этап изучения какой-либо области исследования или вопроса, и его основная цель — сформировать представление о том, что известно из опубликованных источников, и какие вопросы заслуживают дополнительного изучения, то есть обосновать актуальность и новизну темы вашего исследования, которое следует после этого литобзора.
Хороший литобзор отвечает на 3 вопроса:
- что известно по вопросу исследования
- что еще не известно и что с этим можно сделать
- как изменится ситуация, если закрытием пробела в знаниях.
Чтобы ничего не пропустить, воспользуйтесь PICO при формулировании темя для обзора. Для справки прилагаю небольшую статью https://bestpractice.bmj.com/info/toolkit/learn-ebm/how-to-clarify-a-clinical-question/
Готовый обзор может стать отдельной главой диссертации, или самостоятельной научнойпубликацией (а чаще из главы обзор трансформируется в статью).
А ниже курсивом, в каждом раздел я буду приводить примерные команды для ChatGPT https://openai.com/blog/chatgpt. Помните, что алгоритмы постоянно совершенствуются, и возможно одни и те же команды могут давать разные результаты. А еще не забывайте перепроверять написанное, так как известны случаи, когда бот выдавал ошибочную информацию. Я не думаю, что алгоритм может написать по настоящему хороший обзор (особенно учитывая, что он не выдает ссылки на первоисточники, на которые он опирается), но может облегчить вам некоторе задачи.
- Команда для ChatGPT: I want to review literature on [the prevalence of HCC in patients with NASH compared to other chronic disease over the last 5 years]. Help me to form a research question using PICO framework.
- Еще вы можете попробовать сгенерировать идеи для введения или обсуждения (это не стандартный вопрос, а скорее пример на основе которого вы можете выбрать вопрос, подходящий для вашей темы) Why understanding factors that go into increasing medical costs may be a key step in informing policy makers on setting national priorities for COVID-19 prevention and control?
2. Пропишите структуру
Как только вы определились с целью и вопросом исследования, время для мозгового штурма — выписать все что вам нужно знать, чтобы раскрыть тему.
Выписанные идеи и вопросы соберите в логическую структуру — это и будут ваши подзаголовки для обзора, которые поомгут организовать имеющийся массив информации.
Структура может выглядеть так: причины-патофизиология-диагностика или эпидемиология-по странам-по годам-по этническим группам и т.д.
Вы также можете попросить ChatGPT написать структуру обзора, только обязательно проверьте если выданный результат подходит к вашей цели и теме.
- Команда для ChatGPT: Structure a literature review on the topic [].
Бывает и так, что литобзор начинается без заранее прописанной структуры (особенно когда мы еще в процессе выбора темы), а структура проявляется уже во время поиска.
Еще один полезный сервис, на основе нейросетей -https://openknowledgemaps.org/, который сгруппирует научные статьи в PubMed в ответ на ваш запрос. Хорошо подходит, чтобы сориентироваться в новой теме.
3. Поиск и отбор литературы
Ключевые слова. Разбейте свой исследовательский вопрос по PICO на конкретные ключевые слова и условия поиска. Не забудьте добавить синонимы или родственные термины, а также аббревиатуры, которые могут встречаться в литературе.
Определитесь с поисковой системой. Для большинства тем по медицине достаточно использовать PubMed и Google Scholar, но также можно рассмотреть Scopus, Web of Science, Embase. Если у вас узкоспециализированная тема, особенно с междисциплинарным компонентом (математика, инженерия, биология, социальные науки) — лучше проконсулитроваться с научным руководителем, коллегами или библиотекарем, который специализируется на поиске информации в электронных базах данных.
Отбор статей для дальнейшего изучения. Просмотрите заголовки и аннотации результатов поиска. Исключите статьи, которые явно не имеют отношения к вашему вопросу исследования. Потенциально подходящие статьи сохраните для дальнейшей оценки. Распределите их по подзаголовкам, которые вы подготовили на предыдущем этапе. Возможно, во время поиска вы заметите, что отдельные подтемы заслуживают отдельного внимания и расширите или сузите некторые разделы.
Как правильно искать литературу в пабмеде — короткая видео-инструкция от Университета оксфорда https://www.cebm.ox.ac.uk/resources/ebm-tools/finding-the-evidence-tutorial
- Команда для ChatGPT: Help me generate a list of relevant keywords for my literature review on [тема вашего исследования]?
- How can I construct an effective search query using Boolean operators? (так алгоритм выдаст вам краткую информацию о способах комбинирования ключевых слов, вы можете воспользоваться этой информацией сами, или попросить применить их к вашей теме)
- Can you provide an example of using truncation or wildcards in a literature search?
4. Анализ первоисточников
Теперь нужно оценить содержание статей, ссылки на которые вошли в обзор. Слона лучше есть по кусочкам, так и с объемом информации в обзоре легче справиться если продвигаться подзаголовок за подзаголовком, таким образом разбивая обзор на секции и подсекции.
Анализ содержания. На этом этапе нужно найти и прочитать полнотекстовые статьи. Обращайте внимание на методологию исследования, дизайн, размер выборки, методы статистической обработки. Возможно, некоторые статьи при внимательном прочтении окажутся неподходящими и могут быть исключены из обзора. Также при прочтении обратите внимание на другие исследования, на которые ссылаются авторы статей, вероятно таким образом вы сможете найти еще несколько дополнительных статей, которые пропустили ранее (этот процесс называется reference cross-checking).
Выпишите необходимую информацию (data extraction). Из каждой статьи вам нужно будет извлечь ключевую информацию. Используйте систематический подход к организации извлеченной информации, например, с помощью электронных таблиц — так называемых матриц литобзора.
Синтез информации. Далее вам нужно будет выявить закономерности, сходства и различия в самих исследованиях и полученных результатах. Например, у вас может быть 10 исследований о частоте каких-то изменений в каком-то органе, но вчитываясь вы понимаете, что были разные методы диагностики, разные критерии включения, разные протоколы измерения и т.д. Учитывайте сильные и слабые стороны каждого исследования по ключевым параметрам — размер выборки, дизайн исследования, популяция, методы статистческой обработки и т.д..
Обычно таким образом я иде по каждому подзаголовку или подтеме. Сначала сужаетесь до деталей, потом расширяетесь и делаете какое-то саммари или выводы в один параграф.
Повторить для каждой подтемы. Возможно в процессе вы решите объединитеь некоторые темы или наоборот разделить или даже удалить.
- Команда для ChatGPT: Can you help me identify patterns or themes in the literature I have reviewed? [и дать например аннотации или краткую выжимку выбранных 4–5 статей]
- Analyze the methodology and conclusions of [specific paper]. Arrange the results in a table with the following columns — author, year, sample size, study design, study population …..
- Compare the results and methodologies of [paper 1] and [paper 2] in [topic].
- Could you please read the following abstracts and write a short paragraph about the current evidence supporting [the influence of metabolic disorders on the POAG development]?
- Please highlight the strengths and limitations of these studies? [вставить ваш текст]
- Please translate the following text [вставить ваш текст]
Небольшое видео о том как можно использовать ChatGPT для извлечения информации https://pitts.ai/data-extraction-with-gpt-for-systematic-literature-review/
Шаг 2, 3 и 4 последовательны, но обычно в процессе работы над обзором мы проходим их снова и снова. Например, у нас есть примерный вопрос, и мы набрасываем структуру и начинаем поиск, и в процессе анализа литературы мы понимаем, что этот вопрос можно детализировать или сузить, и тогда мы может адаптировать структуру и добавить новые подзаголовки или объединить ранее выделенные, повторить поиск и анализ, и т.д.
5. Подведите итоги и отредактируйте текст обзора
Организуйте свои выводы в связное повествование. Начните со вступления, в котором представлена вводная информация и проблема исследования. Представьте краткое изложение основных выводов из литературы. Обсудите любые разногласия, пробелы или области для дальнейших исследований. В заключение подведите итоги и предоставьте 1–2 дальнейших направления для исследования.
- Команда для ChatGPT: Critique the following text and convince me why it is not good?
- Please rewrite the following text in a clear and concise style.
- Based on current literature, what are the suggested future research directions in [topic]?
- Identify gaps in the literature of [topic] that could be explored in future studies.
- Could you check and rewrite this section according to the NEJM, JAMA, BMJ style? [вставить ваш текст]
- Please shorten this paragraph to 2 sentences: [вставить ваш текст]
Полезные материалы
Критический анализ статей требует знаний и навыков в разных областях научных знаний — клинической эпидемиологии, медицинской статистики, доказательной медицины. А все вместе это обычно называют — critical appraisal.
- Trisha Greenhalgh. How to Read a Paper. В русском переводе: Основы доказательной медицины. Краткое руководство по основным принципам доказательной медицины и типам научных исследований, как распознавать их в статьях и полезные чек-листы на что обратить внимание. Эту книгу я всегда рекомендую тем, кто только начинает путь в науке. Плюс из всей подборки эта книга также доступна на русском языке. Эфир по книге можете посмотреть по ссылке ниже
2. Онлайн курс от Университета МакМастер https://www.nccmt.ca/learning-modules, в котором есть модули по критической оценки научных статей (кстати именно в этом Университете работал профессор Дэвид Сакетт, которого называют одним из отцов доказательной медицины).
3. Гайды от Оксфордского университета https://www.cebm.ox.ac.uk/resources/ebm-tools
Здесь есть короткие статьи как понимать различные дизайны исследования, как интерпретировать статистику, как понять, что перед вами хорошая статья, или например плюсы и минусы каждого дизайна исследования на английском https://www.cebm.ox.ac.uk/resources/ebm-tools/study-designs и даже вопросы по экстрактции данных для мета-анализа https://www.cebm.ox.ac.uk/resources/ebm-tools/data-extraction-in-meta-analysis
4. Книга и курс для самостоятельного прохождения с упражнениями на английском языке с основами дизайна исследования и базовой статистикой от центра по контролю заболеваний США (бесплатно)
https://www.cdc.gov/csels/dsepd/ss1978/
5. Bonita, Ruth, Beaglehole, Robert, Kjellström, Tord & World Health Organization. (2006). Basic epidemiology. Отличная книга на английском для знакомства с дизайном и планированием научных исследований, основами биостатистики, изучения факторов риска и профилактики заболеваний на простых и понятных примерах. https://apps.who.int/iris/handle/10665/43541
Что спросить у алгоритмов искусственного интеллекта?
Сегодня алгоритмов искусственного интеллекта становится все больше и больше, но для академических целей 3 алгоритма остаются наиболее часто используемыми:
- ChatGPT https://openai.com/blog/chatgpt
- https://www.chatpdf.com/ — алгоритм искусственного интеллекта, который может читать пдф, вы можете отправить ему научную статью, книгу или даже диссертацию и попросить:
- сделать краткую аннотацию
- написать краткое обобщение выводов
- спросить конкретные вопросы про выборку или практическое примненение этих результатов
Можно задавать вопросы на русском и английском.
Помните: Любой текст, созданный ChatGPT или другим алгоритмом искусственного интеллекта, нужно критически оценивать на корректность и правдивость.
Желаю вам продуктивной и эффективной работы над лит обзором!
Буду рада обратной связи и вопросам в комментариях (эта статья будет обновляться по мере поступления вопросов)