Первые буддисты поселились в Петербурге еще при основании города, во время строительства Петропавловской крепости. Это были волжские калмыки. Но буддистская община стала складываться в столице империи только в конце XIX века. К 1910 году в городе насчитывалось 184 буддиста, в основном это были забайкальские буряты и волжско-донские калмыки. Очень важную роль в строительстве храма сыграл общественный деятель Агван Доржиев, являвшийся сторонником сближения Российской империи и Тибета.
Именно в результате ходатайства Доржиева перед русским императором было получено разрешение на строительство храма (приложение 9). Финансировалось оно Далай-ламой XIII, самим Доржиевым, главой буддистов Монголии и верующими Бурятии и Калмыкии. Для создания проекта была созвана комиссия из ученых-востоковедов, куда вошли Владимирцов, Радлов, Ольденбург, Ухтомский, Рерих и др. Архитектором был выбран Гавриил Васильевич Барановский, в то время уже известный в Петербурге как мастер модерна. По его проектам были построены гастроном братьев Елисеевых и здание
Храм строился с большим размахом: основным материалом является колотый гранит, фасад и внутреннее убранство украсили позолота и яркие краски, а многочисленные витражи выполнил художник Николай Рерих. Статую Будды преподнес король Сиама Рама VI. Дацан был освящен 10 августа 1915 года и назван Дацан Гунзэчойнэй, что в переводе с тибетского означает «источник святого учения Всесострадающего (Владыки-отшельника)».
К сожалению, храм проработал недолго: уже в конце 1916 года богослужения прекратились, а библиотека и реликвии были разграблены. Доржиеву удалось ненадолго вернуть храм общине в 1920-е, но уже в 1937-м настоятели и ученые-востоковеды, проживавшие в храме, были репрессированы из-за подозрений в шпионаже в интересах Японии. Только в 1968 году здание было признано памятником архитектуры, а в 1989 году энтузиасты и «подпольные буддисты» Ленинграда добились того, чтобы дацан вернули верующим.
Девяностые были ознаменованы противоборством между традиционными буддистами и буддистами-европейцами, что даже привело силовому захвату храма оккультной группой. После продолжительных судебных тяжб храм удалось вернуть буддистам, но эта история в итоге привела к большей открытости дацана для исповедующих разные направления буддизма. Сейчас храм может посетить любой желающий, здесь проходят лекции по философии буддизма и медитационные ретриты.