При Петре I на русской службе состояло значительное количество иностранцев, и уже в начале XVIII века в Кронштадте сформировалась значительная лютеранская община. После завершения Северной войны в состав Российской империи вошли территории Лифляндии и Эстляндии с высокой долей немцев. Выходцы из остзейского немецкого дворянства часто шли на службу и, в итоге, они сами или их потомки оказывались в Кронштадте.
В середине XIX века в Кронштадте проживали 380 немецких семей – 5400 человек, примерно 70% всех немцев Санкт-Петербургской губернии, а представители немецкой общины занимали многие ответственные посты. В частности, несколько военных губернаторов и главных командиров Кронштадтского порта были лютеранского вероисповедания – Ф.В. фон Моллер, Ф.Ф. Беллинсгаузен, Г.И. фон Платер, Ф.П. Литке, Р.Н. Вирен.
О существовании лютеранской церкви в Кронштадте упоминается уже в 1707 году. Правда, отдельного здания не было и богослужения сначала велись в частных домах или в специально приспособленных зданиях. Только в 1753 году на восточной оконечности Котлина была построена деревянная церковь св. Елизаветы. Использовалась она 80 лет, пока не сгорела в ночь на 12 (24 по н.с.) марта 1833 года. Сразу было принято решение возводить каменную церковь. Место под строительство было определено практически там же, где находился и сгоревший деревянный храм - у Петербургских ворот. Причём император Николай I учёл стеснённость в средствах лютеранской общины и повелел необходимую для строительства сумму - 145 тысяч рублей ассигнациями выплатить из государственных средств.
Проект нового храма разработал архитектор Э. Х. Анерт. Центральный объем здания представляет собой прямоугольник. Главный фасад оформлен шестиколонным портиком коринфского ордера с треугольным фронтоном. Боковые фасады решены очень лаконично. Над алтарной частью возвышался высокий барабан с куполом, увенчанным крестом. Рядом с храмом был предусмотрен кирпичный дом пастора и хозяйственные постройки.
Строительство началось весной 1834 года, а уже к 1835 году здание было завершено вчерне. Весь следующий год велись отделочные работы, и 20 декабря 1836 года (2 января 1837 года по н.с.) состоялось торжественное освящение.
После октябрьской революции 1917 года лютеране массово покидали Кронштадт. В декабре 1921 года приход церкви составил всего 100 человек и продолжал уменьшаться. Через три года в декабре 1924 года райком комсомола Кронштадта указывал городским властям, что число прихожан составляет всего 15-20 человек и предлагал закрыть храм, а в здании устроить Дом пролетарской физической культуры. В итоге церковь святой Елизаветы была закрыта 18 января 1925 года и приспособлена под клуб профсоюза металлистов. С послевоенного времени и до сегодняшнего дня здание используется для нужд городского водопровода. Внешний его облик особых изменений не претерпел – была только разобрана главка над алтарной частью.