Церковь посвящена святому Симону Кананиту, который, согласно грузинским летописям XI века, проповедовал христианство в Абхазии и Колхиде, умер и был похоронен в городе Никопсии на севере Абхазии. Близлежащий грот распространённая легенда связывает с местом мученичества святого Симона.
По архитектурному стилю существующей церкви её можно отнести к IX или X веку, на ней сказалось влияние византийских и грузинских художественных традиций. Более ранняя церковь, предположительно, появилась на этом месте как минимум за два столетия до этого[5]. Во времена Абхазского царства церковь служила Епископской кафедрой и была местом погребения духовенства Сухумской (Цхумской) епархии. До конца XIX века под южными воротами лежал могильный камень с надписью на греческом «Матерь Божья, спаси Георгия, причастного Цхумского» — надгробие Митрополита Георгия.
В 1889 году здесь был похоронен епископ Сухумский Геннадий (Павлинский).
Когда грузинский историк Дмитрий Бакрадзе посетил храм в 1850-х годах, церковь была заброшена, но все ещё стояла, за исключением обрушившегося купола.
Церковь сильно пострадала, когда местный помещик майор Хасан Маргани использовал каменные глыбы из её кладки для строительства своего особняка.
Позднее, в 1880-х годах, церковь была реконструирована с использованием блоков белого камня и приобрела нынешний вид. В 1882 году церковь посетил великий князь Михаил Николаевич