Официальная историография ошибочно считает, что Покровский собор на Красной площади дошел до нас в первоначальном виде. Строителем был псковский зодчий Постник Яковлев, хотя программу посвящений, вероятно, составил митрополит Макарий. Пресловутого ослепления не было, поскольку впервые эту легенду приводит Джайлс Флетчер применительно к Ивангородской крепости, и лишь позднее она переносится на церковь. Как видно на нескольких миниатюрах из Лицевого летописного свода, первоначально храм не имел современных очертаний и, скорее всего, был ниже, чем сейчас. Видимо, он представлял собой шатровый прототип Благовещенского собора, который тоже приобрел свой вид при Иване Грозном и имеет два одноименных придела (Входа в Иерусалим и Николая Чудотворца). Церкви, окружающие центральный шатер, были одинаковой или примерно сопоставимой высоты, а главы небольшими и позолоченными.
В 1571 году храм сгорел во время одного из московских пожаров. «Храм вместе с украшениями и иконами был снаружи и изнутри спален огнем; колокольни также. И остались только стены, разбитые и раздробленные» - отмечал Генрих Штаден. Примечательно, что он пишет о сооружении в прошедшем времени: «стояла круглая церковь.» В следующем десятилетии собор был перестроен. «У нее новые шпили и гульбище вокруг, все весьма мастерски сделано из кирпича, везде резьба с различными переплетениями, но церковь еще не достроена» - писал Мартин Груневег в 1585 году. Отсутствие креста у центрального шатра на его рисунке говорит о том, что он тоже был создан заново.
Чуть позже, в 1588 году, была пристроена церковь Василия Блаженного, название которой впоследствии перенесли на все сооружение. Это произошло при царе Федоре Ивановиче, который тоже получил прозвище «Блаженный». Возможно, настоящей датой основания собора следует считать 15 августа этого года - день памяти святого. В таком случае это сооружение в меньшей степени ассоциируется с деспотизмом Ивана Грозного и его колониальной политикой в отношении Казани. Кроме того, посвящение Покрова подразумевает имперскую идею третьего Рима (вторым был Константинополь), тогда как Василий Блаженный, согласно житию, стремился в небесный Иерусалим. Что же касается шатровой храмозданной надписи, отсылающей к 1561 году, то она нанесена поверх росписи под кирпич, соответственно, была добавлена задним числом, как и аналогичная изразцовая надпись 1683 года.
Если Генрих Штаден называет первоначальную постройку красивой именно изнутри, то Джайлс Флетчер, при всей своей русофобии, характеризует новую церковь как великолепную. На гравюре Кремленаград начала XVII века приделы уже отчетливо делятся на большие и малые, но их главы по-прежнему меньше центральной и не имеют орнаментов. Свидетельство летописца «верхи у Троицы и Покрова на Рву сделаны разными образцами» ошибочно трактуется официальной историографией как появление фигурных глав. В действительности, речь идет о навершиях церквей (северная и южная с кокошниками, а восточная и, возможно, скрытая от глаз западная - граненые).
На современной реконструкции мы видим, как выглядели новые завершения церквей. Очевидно, что они и стали прототипами последующих фигурных глав.
Исаак Масса писал про российскую Смуту: «...в это время жил в Москве некий дворянин, который во время осады Кром был ранен в ногу, вследствие чего принужден был все время сидеть дома, и он пристрастился к рисованию, у него в доме среди слуг был иконописец, который и обучил его рисованию, и между прочим он начертил пером изображение Москвы.» Осада Кромской крепости произошла в 1605 году - незадолго до воцарения Лжедмитрия. Последний правил всего около года и был сменен Василием Шуйским, а патриархом стал Гермоген. Купола на этом рисунке по-прежнему небольшие.
Впервые массивные рельефные главы появляются на Сигизмундовом плане 1610 года, при этом приделам были добавлены верхние ярусы по аналогии с колокольней Ивана Великого. Возможно, что именно из-за Смутного времени, которое отвлекло внимание современников, в летописях не осталось упоминаний об этом событии. Гермоген мог воспринимать купола с атрибутами соответствующих посвящений как символ преодоления польской экспансии. Собор посвящен Покрову Божьей Матери, а смысл этого праздника заключается именно в защите от нашествия иноверцев. Известно, что патриарх уделял большое значение церковному строительству.
Можно предположить, что перестройками собора конца XVI - начала XVII веков руководил Федор Конь, работы которого отличаются стремлением к разнообразию. Еще одним аргументом в пользу этой версии служит сходство построенной им звонницы в Вяземах с колокольней на вышеупомянутом чертеже Кремленаград. Таким образом, если Покровский собор спроектировал Постник Яковлев, то храм Василия Блаженного с пристроенной к нему одноименной церковью предположительно создал Федор Конь.
На гравюрах Адама Олеария и Гартмана Грамана собор по-прежнему не имеет современного вида. Малые приделы имеют не округлую форму, как сейчас, а четырехгранную, большие тоже выглядят иначе. В частности, у центральной церкви четыре ряда кокошников, тогда как в дальнейшем их стало три. Оформление глав также отличается от современного. Бернгард Таннер, посетивший Москву в 1678 году, очевидно, рисовал не с натуры, а взял за основу более ранний рисунок Олеария. К тому же, его описание тоже близко по содержанию.
В начале XVII века купола были серебристыми - цвета металла, которым они покрыты. Первое упоминание о разноцветных куполах в стиле московского узорочья оставил Павел Алеппский в 1654 году. Представление об этой окраске мы можем получить благодаря иконе Василия Блаженного. Возможно, создателем нового дизайна был Иван Осипов, который покрыл крышу Теремного дворца золотом, серебром и разными красками. В то же время, автором проекта мог быть иконописец Симон Ушаков, поскольку оформление глав представляет собой иконографическую символику. Известно, что в 1660 году он реставрировал иконостас центральной церкви.
На гравюре Августина Мейерберга 1662 года появляется обходная галерея.
На изображении из Книги избрания на царство 1672 года малые церкви становятся восьмигранными, подобно большим. Показан вид после пожара 1668 года, в результате которого сгорели все главы.
Крыльца, а также новая колокольня были построены в 80-ые годы XVII века, и тогда же часть глав получила современный орнамент. Звонница храма Григория Неокесарийского имеет аналогичный вид. Известно, что царь Алексей Михайлович приказал "прописать суриком в кирпич" стены этой церкви. Возможно, он имел отношение и к аналогичной росписи Покровского собора, имитирующей кирпичную кладку.
После Троицкого пожара 1737 года обвалилась глава церкви Николы Великорецкого. Ее восстановлением занимался Иван Мичурин, и тогда же было создано зигзагообразное оформление вместо ромбического. По-видимому, он же придал округлую форму малым церквям (на гравюре Фридриха Берхгольца они все еще граненые). На картинах Федора Алексеева купол церкви Киприана и Иустины впервые выкрашен в бело-голубые цвета, напоминающие небесную сферу на иконах этих святых. Главы получили современный вид благодаря митрополиту Платону, который распорядился вернуть им пеструю окраску. Известно, что именно он оформил купола Троице-Сергиевой лавры в виде звездного неба. Таким образом, это сооружение, равно как и Москва, строилось не сразу и его облик формировался постепенно на протяжении нескольких столетий.