Приказ 66, изданный канцлером Палпатином, привел к массовому уничтожению джедаев клонами, которым он подчинялся. Истории капитанов Рекса и Коуди после этого приказа развиваются по-разному, что иллюстрирует сложность и неоднозначность их персонажей. Капитан Рекс, благодаря своей близкой связи с Асокой Тано, избежал полного подчинения приказу 66. Асока, узнав о существовании ингибиторных чипов, которые заставляли клонов убивать джедаев, помогла Рексу удалить чип из его головы. Это позволило ему сохранить свою личность и независимость. После этого Рекс продолжил бороться против Империи, участвуя в сопротивлении и помогая другим выжившим джедаям. Он также появлялся в различных проектах, таких как "Звёздные войны: Повстанцы", где продолжил свой путь как один из лидеров сопротивления История Коуди сложилась иначе. После получения Приказа 66 он без колебаний выполнил его, пытаясь убить Оби-Вана Кеноби. Под влиянием своего ингибиторного чипа Коуди оставался верным Империи на протяжении неко