В 1983 году два друга и два независимых художника комиксов Кевин Истмен и Питер Лэрд, сидя дома перед телевизором, начинают рисовать карикатуры. Тем же вечером на свет появились первые изображения гуманоидных черепах, стоящих на двух лапах и держащих в руках оружие ниндзя.
Концепция очень понравилась авторам и они решились на создание полноценного комикса, с участием этих чудных созданий. Изначально черепашкам хотели присвоить японские имена, но в конечном итоге их решили назвать в честь итальянских художников эпохи Возрождения — Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэлем.
Предыстория комикса часто ссылалась на другие популярные произведения. Так например как и Мэтт Мёрдок из "Сорвиголовы" черепахи подверглись воздействию радиоактивного вещества, а их сенсей, Сплинтер, был вдохновлён учителем Сорвиголовы по прозвищу Стик.
Чуть позже Истмен и Лэрд, основали в своем доме собственное издание под названием Mirage Studios. Товарищи выпустили в тираж три тысячи экземпляров комиксов, о приключениях юных черепашек мутантов ниндзя и добились ошеломительного успеха, все копии были разобраны в течении нескольких недель.
В 1987 состоялась премьера первого мультсериала про черепашек ниндзя,после чего он выходил в эфир практически десять лет. В мультсериале впервые появились некоторые характерные особенности Черепах, такие как разноцветные повязки, крылатые фразы, любовь к пицце и разные типы личности
В начале 1990х годов франшиза черепашек ниндзя достигла своего пика. В 1990 году вышел первый художественный фильм «Черепашки-ниндзя» в котором использовались костюмы, разработанные компанией Jim Henson's Creature Shop. Фильм в большей степени адаптировал элементы из оригинального комикса и имел более мрачный тон. Он занял 9-е место среди самых кассовых фильмов 1990 года и стал самым кассовым независимым фильмом на тот момент, заработавший более 200 миллионов долларов по всему миру.
Несмотря на огромный коммерческий успех первой части, последующие фильмы, вышедшие в 1991 и 1993 не снискали такой популярности, едва окупив свои затраты.
После завершения оригинального мультсериала в 1997 году был создан телесериал с живыми актерами под названием «Черепашки-ниндзя: Следующая мутация». В нём дебютировала пятая Черепашка женского пола, Венера Милосская. Сериал был закрыт после 1 сезона.
Позже создатели признались, что искренне жалеют об этом проекте.
В 2000 году Истмен продал Лэрду свою долю прав на интеллектуальную собственность, а в 2003 году в эфир был запущен новый мультсериал о черепашках ниндзя который продлился до 2009 года. Лэрд активно участвовал в производстве мультсериала, добившись близкой адаптации оригинальных комиксов.
В 2007 году был выпущен компьютерный анимационный фильм, который заработал 95 миллионов долларов в прокате
В 2009 году Питер Лэрд продал права на франшизу Nickelodeon. Создатель признался, что устал работать над «Черепашками-ниндзя»: «Я больше не тот парень, который носит с собой альбом для рисования и рисует в нём при каждом удобном случае».
В августе 2011 года начала издаваться новая серия комиксов Teenage Mutant Ninja Turtles, соавтором и иллюстратором которой выступил Кевин Истмен.
8 августа 2014 года состоялась премьера нового художественного фильма. Несмотря на негативные отзывы, фильм имел кассовый успех. Спустя два года вышло продолжение с подзаголовком «Выйти из тени»
Второй мультсериал от Nickelodeon под названием «Эволюция черепашек-ниндзя» вышел в 2018 году и завершился после 2 сезона.
Летом 2023 года свет увидел последний на данный момент полнометражный мультфильм о приключениях черепах мутантов. Картина принесла своим создателям 204,5 млн чистой прибыли с учётом производственного бюджета.
Франшиза черепашек ниндзя проделала огромный путь от наброска и незамысловатой идеи, до огромного гиганта современной поп культуры- символа целых поколений и бренда, который знает практически каждый человек на нашей планете. В ее истории были как резкие взлеты, так и весьма досадные падения. Внешний облик самих персонажей неоднократно подвергался изменениям на протяжении всей истории данной вселенной. Неизменной остается только концепция братьев черепах и их друзей, противостоящих большому количеству абсолютно разных антагонистов.