Василию III в 1533 г. наследовал его 3-летний сын, Иван IV. До совершеннолетия мальчика, регентом стала его мать, Елена Глинская, которой удалось провести ряд реформ до своей смерти в 1538 году. Реальная власть перешла в руки боярских кланов, приближенных к великокняжескому двору. Только в 1547 Иван IV был венчан на царство и власть вернулась в руки Рюриковичей. При нем был проведен ряд реформ в военной, судебной системах, в сфере государственного правления. К Русскому государству были присоединены: Астраханское, Казанское ханства, Западная Сибирь, Башкирия, территории Ногайской орды, начало зарождаться крепостное право. Однако, называть Ивана IV Грозным стали не за реформы. В его правление была проиграна затяжная Ливонская война и введена опричнина. Царь отличался особой жестокостью к инакомыслящим. Боясь притязаний на власть, царь расправлялся со своими родственниками – удельными князьями.
Последним царем из династии Рюриковичей был сын Ивана Федор, болезненный человек, не способный управлять государством. После его смерти престол занял боярин Борис Годунов. Смутные времена – эпидемия холеры, противостояние с поляками и шведами, неурожаи и народные восстания – ослабили положение государственной власти, чем воспользовался самозванец, выдавший себя за сына Ивана Грозного Дмитрия и пообещавший отдать полякам часть русских земель, за что те помогли ему захватить Москву. Но удержаться в столице долго Лжедмитрий не сумел, его место занял Василий Шуйский. Вскоре появился еще один самозванец, Лжедмитрий II. Шведы и поляки воспользовались внутренними раздорами и оккупировали многие русские территории. Решающую роль в этот критический момент сыграл русский народ. Собрав ополчение, которым руководили князь Дмитрий Пожарский и Кузьма Минин, удалось изгнать самозванца и иностранных интервентов. «Смута» закончилась избранием на престол Михаила Романова