Основное отличие - это возможность получать вычет в течение года, а не только по итогам налогового периода.
При получении вычета через работодателя вам не нужно ждать конца года, чтобы вернуть уплаченный налог.
Для этого вам необходимо предоставить работодателю документы, подтверждающие право на вычет, и получить от налоговой инспекции соответствующее уведомление. После этого работодатель будет уменьшать НДФЛ, удерживаемый из вашей зарплаты, до тех пор, пока сумма вычета не будет исчерпана.
Другие преимущества получения вычета через работодателя - ускорение процесса возврата налога и простота процедуры.