В апреле 2008 Йозеф был арестован по обвинению в принудительном содержании взаперти своей младшей дочери Элизабет Фритцль .( Elisabeth Fritzl; родилась 6 апреля 1966), которую он держал в подземном звуконепроницаемом бункере в подвале собственного дома с 1984 года. При этом она подвергалась бытовому насилию со стороны отца с 1977 года. Впервые он надругался (инцест) над Элизабет, когда ей было 11 лет, в 16 лет она попыталась сбежать из дома, но ее нашли и вернули, строительство бункера для Элизабет Фритцль задумал еще в 1978 году, когда Элизабет было 12 лет. Бункер был готов к 18-летию дочери ( 28 августа 1984 года). После того как Йозеф запер свою дочь в подвале, он заявил в полицию, что дочь пропала, но через какое-то время якобы получил от неё известие, чтобы её не искали.
Трое детей Элизабет, рождённых от отца, оказались заключены в подвале в течение всей жизни — это дочь Керстин в возрасте 19 лет, сын Штефан возраста 18 лет и сын Феликс пяти лет. Один ребёнок по имени Михаэль умер на третий день после родов от респираторных проблем, лишённый возможности получить медицинскую помощь. Трое остальных детей жили в основном доме с Йозефом и его женой Розмари, при этом Фрицль организовывал их «подкидывание»: Лиза была «подкинута» на девятом месяце в 1993 году, Моника на десятом месяце в 1994 году, а Александр на 15 месяце жизни в 1997 году, они якобы подкидывались родителям убежавшей дочерью. Фритцль говорил также о принадлежности дочери к особому культу.
Когда старшая дочь Кёрстин серьёзно заболела, Йозеф по просьбе Элизабет отвёз её в больницу, последовательность событий после этого привела к открытию преступления. У Кёрстин была обнаружена сложная форма почечной недостаточности, и врачи потребовали историю болезни, а также присутствия матери. Отсутствие матери вызвало интерес полиции (всплыло дело о пропаже Элизабет), случай проник в печать и на телевидение. Фритцль предъявил письмо от Элизабет, в котором говорилось о «секте», но письмо вызвало подозрение у местного специалиста по культам. Фритцлю пришлось привести Элизабет в больницу, где они были немедленно арестованы полицией и изолированы друг от друга. Когда полиция заверила Элизабет, что она не вернётся к её отцу и её дети не останутся без присмотра, она рассказала всю историю о 24-летнем заключении, на основании которой было начато уголовное дело; генетический тест подтвердил инцест и отцовство Йозефа.
19 марта 2009 года 73-летний Йозеф Фритцль приговорён окружным судом австрийского города Санкт-Пёльтен к пожизненному заключению. Отбывает заключение Фритцль в специальном тюремном медицинском учреждении для душевнобольных. Суд присяжных признал его виновным по всем пяти пунктам обвинения: инцест, незаконное лишение свободы, неоднократное изнасилование, содержание людей в рабстве и убийство по недосмотру