На юго-востоке Самарканда в начале пятнадцатого века возник комплекс Гур-Эмир, который является одним из самых грандиозных архитектурных сооружений того времени. В него входил и суфийский монастырь, известный также как ханака, где путешественники могли найти пристанище в уютных кельях с мечетью, а также медресе Мухаммеда Султана, учреждение, названное в честь любимого внука великого Тамерлана, которое позже стало мавзолеем для самого Тамерлана, его сыновей и внуков.
Медресе было небольшим, но в то же время потрясающим зданием с классической мусульманской средневековой планировкой, предназначенным для религиозного воспитания детей из богатых семей Самарканда.
Напротив медресе был построен суфийский монастырь, где центральный зал окружался худжрами (маленькими комнатами с кельями), предназначенными для путешественников. Эти строения были построены по инициативе внука Тамерлана - Мухаммеда Султана, который стремился сделать Самарканд центром исламского просвещения. Однако он преждевременно скончался в 1403 году и эта трагедия в последствии изменила первоначально задуманное назначение комплекса.