В конце 1830-х годов болотнинцы, у которых на тот момент своей церкви в селе не имелось (жители села были прихожанами церкви в селе Ояш), решили построить собственный храм.4 июля 1839 года храм был заложен в центре деревни Болотинской на Московском тракте между этапом и почтовой станцией, на перекрестке современных улиц Московская, Комитетская и Подгорная. Через четыре года, 28 марта 1843 года деревянная однопрестольная церковь с колокольней была построена и освящена. Престол в церкви был освящен во имя Трех Святителей Петра, Алексея и Ионы Московских и всех России чудотворцев. Следовательно, и наш первый Болотнинский храм получил название Трехсвятительской церкви. В 1863 году при Болотнинской церкви была открыта церковно-приходская школа, расположившаяся в церковной сторожке, с одним учителем и тремя группами учеников. Во время пожара 1864 года первая церковь в Болотном была уничтожена огнем, однако, ее полностью воссоздали по проекту 1837 года в 1867 году. Престол в новой церкви на этот раз был посвящен Святителю и Чудотворцу Николаю Мирликийскому, и Болотнинский храм с этого времени стал называться Свято-Никольским.
Согласно Списку населенных мест Томской губернии по сведениям 1859 года в «селе заводского ведомства Болотинском» Ояшинской волости Томского уезда Томской губернии было 100 дворов и проживало 364 жителя (из них 185 мужчин и 179 женщин), находились церковь и почтовая станция. В Зудово в это время было 12 дворов, в Кругликово 70 дворов и 461 житель, в Аче 37 дворов и 298 жителей, в Карасево 7 дворов и 45 жителей, в Кривояше 41 двор и 235 жителей, в Мануйлово 23 двора и 162 жителя, в Савиново 16 дворов и 69 жителей, в Старом Елбаке 13 дворов и 140 жителей, в Верхнем Елбаке 4 двора и 62 жителя, в Чебуле (Старой Чебуле) 36 дворов и 116 жителей, в Елфимово 32 двора, в Корнилово 30 дворов, в Бибеево 23 двора, в Таскаево 22 двора, в Шелковниковой 20 дворов. В 1850-х годах на острове Симан была основана деревня Луговая (носившая второе название – Шелаевский), на момент основания в ней жило 47 крестьян из окрестных деревень и 35 переселенцев из Европейской части России.
В 1850-х годах по реке Обь началось пароходное сообщение. Берег рядом с деревней Кругликово стал местом складирования штабелей дров, заготавливаемых местными жителями для снабжения пароходов. В Кругликово была организована пристань. В 1861 году была отменена обязательная отработка приписных крестьян на Алтайских заводах. Взамен освобождения от этой ежегодной повинности крестьяне стали платить увеличенные окладные (налоговые) платежи – 6 рублей с ревизской мужской души, дополнительно взимался платеж в размере 1,4 копейки с каждой десятины земли. Государственные крестьяне, не приписанные к заводам (кругликовцы), платили подати от 4,95 до 5,08 рублей. Кумыши, которые никогда не были приписаны к Алтайским заводам и по своему статусу являлись ясачными, платили денежные подати в размере 3,87 рублей с ревизской души. Сбором податей занималась сельская община, которая была вынуждена вкладывать собственные средства за отсутствующих плательщиков.
Сельская же община занималась среди жителей своего населенного пункта раскладкой натуральны повинностей – дорожной (ремонт участков дорог, закрепленных за общиной), ямской, опалкой лесов и других. Дорожная повинность на Московском тракте крестьянскими общинами сел, располагавшимися на территории современного Болотнинского района в 19 веке, исполнялись в последней четверти 19 века: на участке в районе Калтая (более 10 верст тракта) в числе других общин общинами деревень Большая Черная (120 человек), Зудово и Елизарово (71 человек); на участке от Проскоково до Болотного (7 верст) в числе других общин общиной кумышей села Ача (24 человека); на участке от Болотного до Старой Чебулы (3 версты) общиной села Болотного (112 человек); на участке от Старой Чебулы до Ояша (16 верст) в числе других общин общинами села Ояш (148 человек), деревень Старой Чебулы (41 человек), Карасево (14 человек), Верхний Елбак (9 человек), Старый Елбак (46 человек), Бибеево (60 человек), Камень (32 человека); на участке от Ояша до Умревы (18 верст) в числе других общин общинами деревень Кривояш (59 человек), Мануйлово (80 человек), Савиново (38 человек), Таскаево (40 человек). В то же время дорожная повинность на Томско-Барнаульском почтовом тракте исполнялась: от села Ача до Долговой (2 версты) общиной села Ача (47 человек). Ямская повинность для обслуживания Московского тракта: станция Калтай – в числе других общин община деревни Шелковниково; станция Болотная – в числе других общин общины Болотного, Большой Черной, Зудово, Бибеево, Мануйлово, Кривояш, Савиново, Таскаево; станция Чебула (Старая Чебула) – в числе других общин общины Старой Чебулы, Старый Елбак, Верхний Елбак, Карасево; станция Ояш – в числе других общин община села Ояш. На Томско-Барнаульском почтовом тракте: станция Ача – в числе других общин община Ачи.
В 1865 году была основана деревня Киряково. В 1869 году переселенцами из Европейской части России была возрождена деревня Большая Черная, прекрашавшая свое существование после переноса трассы Московскогого тракта на участок Ояш-Болотное-Проскоково. В конце 19 века в деревне было 97 дворов и 543 жителя. В 1886 году была основана деревня Крутая.
В 1878 году в Болотном было 150 дворов и проживало 395 жителей (из них 195 мужчин и 200 женщин), находились церковь, почтовая станция, хлебный магазин, 6 лавок, питейный дом.
В 1893 году в Болотном было 100 дворов (93 крестьянских и 7 некрестьянских дворов (7 % от всего населения)) и проживало 453 жителя (231 мужчина и 222 женщины), находились церковь, церковно-приходская школа, этап, почтовая станция, хлебозапасный магазин, питейное заведение. В 1893 году площадь земли в расчете на одного мужчину составляла 60,5 десятин. В этом же году в Большой Черной было 97 дворов и 543 жителя, в Кругликово 120 дворов и 562 жителя, в Елизарово 4 двора и 18 жителей, в Камне 25 дворов и 152 жителя, в Корнилово 68 дворов и 244 жителя, в Кривояше 61 двор и 261 житель, в Мануйлово 89 дворов и 394 жителя, в Верхнем Елбаке 15 дворов и 48 жителей. Временно прекратившая свое существование в 1882-1892 годах деревня Турнаево вновь возродилась в 1892 году за счет поселения на ее месте переселенцев из Европейской части России. С 1899 года по начало 1920-х годов деревня носила двойное название Турнаево (Калинкино). В 1893 году в селе Ояш вместо обветшавшего старого здания церкви было построено новое. Новая церковь во имя Трех святителей была деревянной и однопрестольной.. В составе прихода состояло 7111 прихожан из Ояша, Балтинской, Вороново, Татарской, Кривояшинской, Бибеево, Каменской, Чебулы, Умревинского. При данном храме в том же 1914 году находилась походная Покровская церковь. В 1897 году в селе Ача была открыта церковь Иоанна Предтечи.
В мае 1891 года между Челябинском и Владивостоком началось строительство Транссибирской железнодорожной магистрали (Великого Сибирского пути) – самой длинной железной дороги в России и в мире. Строительство Транссибирской железнодорожной магистрали в Западной Сибири, в целом, велось параллельно трассе Московского тракта, однако, при выборе перехода магистрали через Обь было решено построить железнодорожный мост через реку значительно южнее Колывани, а на Томск проложить отдельную ветку. В 1891 году было определено место строительства моста рядом с селом Кривощеково – на месте будущего Новосибирска. Строительство моста было начато в 1893 году и закончено в 1896 году, в 1897 году мост был открыт для движения (этот мост профункционировал до 1991 года, в 2000 начался его демонтаж, в настоящее время в Новосибирске на Михайловской набережной в парке «Городское начало» сохраняется как музейный экспонат одна его пролетная конструкция. Движение поездов через реку Обь в центральной части Новосибирска сегодня осуществляется по единственному пути нового железнодорожного моста, построенного на опорах первого моста в 1984 году). Строительство железнодорожного моста через реку Обь в 1893 году считается официальной датой основания города Новосибирска: по официальной версии, возникнув в 1893 году как поселок мостостроителей Новая Деревня и с неофициальным названием Гусевка, в 1894 году поселок был переименован в Александровский (в честь императора Александра Третьего, инициатора строительства Транссибирской магистрали), в 1895 году был переименован в Новониколаевсий (в честь императора Николая Второго), в 1903 году преобразован в город Новониколаевск, в 1926 году переименованный в Новосибирск. На правом берегу Оби в 1893 году началось строительство железнодорожной станции Обь (на месте современного Новосибирска-Главного – хорошо всем нам знакомого вокзала на одноименной узловой железнодорожной станции Западно-Сибирской железной дороги). Весной 1893 года началось строительство участков Транссибирской магистрали от Омска до Оби и от Оби до Красноярска. В октябре 1895 года по участку Омск-Обь было открыто временное движение поездов. Через месяц, в ноябре 1895 года первый паровоз прибыл на железнодорожную станцию Болотная на участке Обь-Красноярск. В декабре 1895 года было открыто временное движение поездов на всем участке Обь-Красноярск. В 1897 году от безымянного разъезда, позже получившего название станция Тайга, была сооружена отдельная ветка до Томска. На территории современного Болотнинского района в это время функционировали железнодорожные станции Болотная, Чебула, Чахлово; железнодорожный блок-пост Тын; железнодорожные казармы 120 км; железнодорожные полуказармы 119 км и 136 км; железнодорожные будки 93 км, 114 км, 134 км, 137 км, 139 км. Железнодорожные станции и поселки при них в это время являлись отдельными поселениями. Жители поселка при железнодорожной станции Болотная не являлись жителями села Болотного, находившегося совсем рядом, буквально через улицу или огород.
В 1899 году в Болотном было 133 двора (124 крестьянских и 9 некрестьянских (7,3 % от общего количества)) и проживало 558 жителей (285 мужчин и 273 женщины), находились церковь, церковно-приходская школа, железнодорожный вокзал, Московский и Барнаульский тракты, почтово-телеграфное отделение, земская станция, хлебозапасный магазин, 7 торговых лавок, базар по пятницам и субботам, частное питейное заведение. В 1899 году площадь земли в расчете на одного мужчину составляла 49 десятин. В конце 19 столетия приход Болотнинской церкви состоял из 1340 прихожан мужского пола и 1324 прихожан женского пола. В приходе числились одна церковно-приходская школа в Болотном и две школы грамоты в Зудово и Мануйлово, в которых обучалось 64 мальчика и 25 девочек. Школы в Болотном и Мануйлово содержались на деньги Епархиального Училищного Совета. Школа в Зудово содержалась на средства Братства Св. Димитрия Ростовского, занимавшегося обращением в православие старообрядцев, в том числе и в самом Зудово. В 1900 году в приход Болотнинской церкви входили: село Болотинское, деревни Карасева, Елбакская, Верхне-Елбакская, Мануйлова, Саввинова, Таскаева, Елфимова, Ачинская, Басалаева, Зудова. Прихожан обоего пола было 2900 душ.
Какие административно-территориальные изменения произошли в Западной Сибири в 19 веке? В 1804 году из Тобольской губернии была выделена Томская губерния (Бийский, Енисейский, Каинский, Красноярский, Кузнецкий, Нарымский, Томский, Туруханский уезды). Новообразованная губерния была включена в состав Сибирского генерал-губернаторства. В 1822 году часть территории Томской губернии была передана в Енисейскую губернию (Енисейский, Красноярский, Туруханский уезды) и Омскую область (часть территории с городами Семипалатинск и Усть-Каменогорск, Колыванский уезд), в состав Томского уезда был включен Нарымский уезд, к Томской губернии была присоединена территория Колывано-Воскресенского горного округа. В том же году уезды губернии были переименованы в округа, губерния стала состоять из 6-ти округов. Территория современного Болотнинского района стала частью Томского округа Томской губернии – бывшего Томского уезда Томской губернии. В 1834 году Колывано-Воскресенский горный округ стал Алтайским. В 1838 году Омская область была упразднена, к Бийскому округу Томской губернии отошли города Семипалатинск и Усть-Каменогорск (в 1856 году они отошли к созданной Семипалатинской области). В 1898 году округа Томской губернии вновь были переименованы в уезды.
Евгений Терентьев