С 1948 года В.Г. Фишер работал в США по атомной тематике, в 1957 году был арестован. Выдержал допросы, не пошел ни на какое сотрудничество, не назвал ни единого имени агентов. Был осужден на 30 лет тюрьмы. Но 10 февраля 1962 года Рудольфа Абеля обменяли на сбитого над СССР пилота американского разведывательного самолёта Ф. Г. Пауэрса.
Довелось Вильяму Генриховичу проявить себя и в годы Великой Отечественной войны. В сентябре 1941 года он был зачислен в подразделение, занимавшееся организацией диверсионных групп и партизанских отрядов в фашистском тылу. В этот период подружился с другим разведчиком – Рудольфом Абелем, имя и биографию которого Фишер позже использовал. Фишер готовил радистов для партизанских отрядов и разведывательных групп, засылаемых в оккупированные Германией страны.
Об одной из блестящих операций, проведенных Вильямом Генриховичем во время войны, рассказывает Николай Долгополов в своей книге, посвященной легендарному разведчику.
"В середине 1944 года немецкий подполковник Шорхорн попал в плен. Его удалось перевербовать и затеять мощнейшую по размаху операцию по отвлечению крупных сил немецкого вермахта. По легенде, подброшенной немцам ведомством Судоплатова, в белорусских лесах действовало крупное подразделение вермахта, чудом избежавшее плена. Оно якобы нападало на регулярные советские части, сообщало в Берлин о перемещении войск противника. Нападение на наши войска — сплошной вымысел, которому в Германии тем не менее поверили. А вот радиосвязь с Берлином блуждающая в лесах небольшая группа немцев действительно поддерживала. Именно Вильям Фишер, переодетый в форму фашистского офицера, проводил вместе со своими радистами эту игру. В группу входили и попавшие в плен перевербованные немцы. Операция, проводившаяся в Белоруссии, получила название «Березино». Из Берлина сюда вылетали самолеты, немцы сбрасывали в тыл для своей группировки тонны оружия, боеприпасов, продовольствия. Больше двух десятков диверсантов, прибывших в распоряжение Шорхорна, были арестованы, частично перевербованы и включены в радиоигру. Нетрудно представить, какую же дезинформацию они передавали! Ведь за все за это фюрер произвел Шорхорна в полковники, а Фишер был представлен к высшей награде рейха — Железному кресту. За эту же операцию и за работу во время войны Вильям Генрихович Фишер был награжден орденом Ленина. Он действовал с ювелирной точностью. Малейшая оплошность — и операция была бы провалена. Однако немцев дурачили больше одиннадцати месяцев — уже совершил самоубийство Гитлер, был взят Берлин, а радиоигра все еще продолжалась. Только 4 мая 1945 года Фишер и его люди получили последнюю радиограмму откуда-то из Германии — не из Берлина. Их благодарили за службу, сожалели, что не могут больше оказывать помощь, и, уповая лишь на помощь Божью, предлагали действовать самостоятельно".