Священномученик Николай родился в 1889 г. в селе Сивково Верейского уезда Московской губернии в семье диакона Александра Запольского, окончил Звенигородское духовное училище, вступил в брак и до 1920 г. служил псаломщиком. В 1920 г. Николай Александрович был рукоположен во диакона и назначен в Знаменскую церковь в селе Лисинцево Верейского уезда. В 1925 г. отец Николай был переведен в село Вязем Звенигородского уезда. В период первых сталинских гонений на Церковь отец Николай дважды арестовывался — в первый раз в 1929 г. по обвинению в «хищении» леса он был приговорен к денежному штрафу, во второй раз, в 1930 г., диакона обвинили в невыполнении государственных деревозаготовок и приговорили к шести месяцам принудительных работ.
Летом 1937 г. большевистское руководство развернуло Большой террор, в ходе которого планировалось избавиться от «классово чуждых» - бывших чиновников, офицеров, реэмигрантов, «кулаков», активных «церковников» и т.д. На практике уничтожение коснулось всей Православной Церкви.
Было заведено дело и против диакона Николая Запольского. Были допрошены дежурные «свидетели», подписавшие все нужные показания. 21 марта 1938 г. священномученик Николай был арестован по обвинению в клевете на советскую власть.
Допросы длились полтора месяца, обвинения были абсолютно абсурдными. Святому, например, приписали слова, что скоро из Италии приедет Римский папа и изгонит коммунистов. Отец Николай отказался признать себя виновным.
2 июня 1938 г. тройка НКВД по Московской области приговорила диакона Николая Запольского к расстрелу. 27 июня священномученик Николай был расстрелян и погребен в безвестной общей могиле на Бутовском полигоне.
По окончании Большого террора Сталин стал избавляться и от исполнителей классового геноцида. В 1939 г. все работники Звенигородского управления НКВД были арестованы и решением Военного Трибунала войск НКВД приговорены к разным срокам лишения свободы за фальсификацию следственных дел. Дело диакона Николая Запольского было приобщено как вещественное доказательство такой фальсификации. На основании решения Военного Трибунала требовался пересмотр постановления Тройки НКВД. Однако, "учитывая социальное лицо осужденного", то есть то, что он служил в храме диаконом, решение Тройки было все равно сочтено правильным.
В 1989 г. священномученик Николай был реабилитирован прокуратурой Московской области. В 2001 г. отец Николай был причислен к лику святых.