Впервые учредить торжественное празднование в честь флота предложил Пётр I. 27 июля 1714 года российский флот одержал победу при Гангуте, в результате чего вплоть до Октябрьской революции 1917 года в этот день проходили торжественные молебны, парады кораблей и орудийные салюты.
С 1920 года День Красного флота стали отмечать в ближайший к 18 мая выходной день. В этот день в 1703 году российский флот одержал первую победу на Балтике. Полноценный День Военно-Морского Флота был установлен постановлением СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 22 июня 1939 года, согласно которому праздник должен был отмечаться 24 июля.
Указом Президента России В. В. Путина от 31 мая 2006 года №549 "Об установлении профессиональных праздников и памятных дней в Вооружённых силах Российской Федерации" День Военно-Морского Флота РФ установлен как памятный день в ВС РФ и должен отмечаться ежегодно в последнее воскресенье июля.
Этот день начинается с торжественного построения личного состава флотских частей и ритуала подъёма на кораблях Андреевского флага и флагов расцвечивания. Проходят военные парады и военно-спортивные состязания на территориях базирования Тихоокеанского, Северного, Балтийского и Черноморского флотов, а также Каспийской флотилии.
Наиболее отличившиеся военнослужащие награждаются государственными наградами, внеочередными воинскими званиями, памятными подарками, правительственными грамотами и благодарностями командования флота. Завершаются праздничные мероприятия концертом и салютом.
С 2017 года восстановлена традиция проведения в этот день Главного военно-морского парада в Санкт-Петербурге.