Сбежали корни!
Особенностью роста корневой системы у цитрусовых является стремление вглубь. Сначала корешок стремиться вглубь, дорастает до дна и обрастает донышко. Следующим этапом идёт обрастание всего земляного кома. Камушки в виде цеолита, лавы способствуют разветвления корневой.
Именно поэтому не рекомендую использовать двойной горшочек и керамзит в виде дренажа. Корни ушли из стаканчика. Лучше использовать поддончики, из них воду после полива сливаем, так корни не убегут и это является профилактикой залива корневой системы.