Впервые в письменных источниках крепостное поселение Кырк-Ер ( место сорока крепостей) упоминается в конце XIII в. Арабский историк Рукнеддин Бейбарс, сообщая о карательном походе золотоордынского эмира Ногая в Крым в 1298-1299 гг., в числе пунктов, подвергшихся нападению татар упоминает Кырк-Ор. Так крепость именовалась вплоть до начала XVIIIв. В 1321 г. арабский географ Абуфельда отмечал, что Кырк-Ер находился в руках аланов, использовавших ее, как убежище на случай нападения врагов.
Возможно в это время крепость была центром раннефеодального Кырк-Ерского княжества, находившегося в зависимости от татар. Вероятно, в период правления золотоордынского хана Джанибека, татары, после ожесточенной борьбы, захватили Кырк-Ер. Турецкий историк XVIII в. Сеид Мухаммед Риза говорит о применении ими для захвата хитрости, придуманной беком Яшлавским. Очевидно, после этого, крепость становится удельным центром яшлавского бейлика.
В 1363 г. Кырк-Ерский хан наряду с мангупским и солхатским (Старый Крым) правителями принял участие в сражении с литовским князем Ольгердом на Синих Водах. В 1397 г. владетелем Кырк-Ерской области являлся некий Мухаммед, которого золотоордынский хан Темир-Кутлуг пожаловал тарханом. Иосафато Барбаро, венецианский путешественник первой половины XV в., сообщает о Кырк-Ере как о "незначительной крепости". В период распада Золотой Орды Кырк-Ер служил резиденцией некоторых претендентов на ханский престол.
Так, например, в 20-х гг. XV в. крепостью владел Девлет - Берди, дядя будущего крымского хана Хаджи Гирея. В период образования Крымского ханства крепость на какое-то время ( до 2-й четв. XVI в.) становится столицей в противовес золотоордынскому Сараю. О росте города свидетельствует ярлык Хаджи Гирея (1459 г.), в котором упоминается кроме мусульманской и христианской еще и иудейская община (возможно речь идет о караимской). Позже в ярлыке Менгли Гирея упоминается еще и армянская община. Здесь чеканится ханская монета, строится мечеть, возможно медресе ( мусульманская религиозная школа); заключаются договоры с другими государствами, выдаются ярлыки.
В начале XVI в. в связи с изменением политической обстановки, татарское поселение переносится из крепости Кырк-Ер сначала в Салачик (восточное предместье Бахчисарая), а затем - непосредственно в Бахчисарай. При этом Кырк-Ер оставался местом убежища ханов в период распрей и внешних нападений. В конце XVI- нач. XVII вв. татары окончательно покинули крепость. Там остались только караимы и армяне, а к середине XVII в. - крепость населяла только караимская община. С этого времени название "Кырк-Ер" изменяется на "Кале" (впервые упоминается в 1608 г.) в последствии - "Чуфут-Кале" (Иудейская крепость). Во 2-й половине XVII в. укрепление используют как арсенал. В конце XVIII в. в крепости насчитывалось еще около 200 домов. После 1783 г. жители начинают покидать городище, переселяясь в города и к началу XX в. здесь проживало несколько семей. Турецкий историк и путешественник Эвлия Челеби относительно этого места оставил следующие воспоминания:
" В этой крепости один из прошлых ханов Гази эль Хаджи Герай хан (правил 1430-1466 гг.) построил соборную мечеть старинной архитектуры. Над ее дверью четким почерком написан следующий тарих: "Построил эту мечеть благословенную великий султан достопочтенный хакан, повелитель царей арабов и не арабов, Хаджи Герай хан бен Гыяс эд-Дин-хан бен Эртогмаз-хан, да продлит Всевышний его жизнь и царствование. Год 859 (1454/55г.)". Однако эта несчастная мечеть стоит среди евреев и дверь ее всегда закрыта. У мусульманской общины нет ни имени, ни знака. В этой крепости совсем нет ни рынка, ни базара, ни лавок, ни постоялого двора, ни бань, ни садов и виноградников, ни воды. Всю воду привозят на ослах снизу; из ущелья Хаджи. В древние времена были построены цистерны. Теперь они без употребления. В этой крепости есть тюрьма для ханских пленников. Из тюрьмы этой Чуфут-Кале освободиться никак невозможно".
* Тархан - звание, которое жаловалось особыми ханскими ярлыками (грамотами). Тарханы освобождались от податей и повинностей и пользовались большими правами. В ярлыке золотоордынского хана Темир-Кутлуга, выданном 1397 г. Мухаммеду, перечисляются права тархана на земли, воды, сады, бани, мельницы, овладеваемые им "свободные места", деревни и другое имущество.
*Сеид Мухаммед Риза (?-1756 г.) - турецкий историк и литератор. Известен своим произведением "Семь планет в известиях о татарских царях". Биография Сеида Мухаммеда Ризы доподлинно неизвестна. Некоторые авторы считают его выходцем из Крыма. В его произведениях даны жизнеописания крымских ханов.
*Тимур-Кутлуг - хан Золотой Орды (1395-1399 гг.). Был посажен на престол темником Едигеем. При помощи Едигея боролся за власть в Улусе с Тохтамышем. По всей видимости,начал претендовать на независимое правление, был убит Едигеем. Ханом, опять же при помощи Едигея, стал младший брат Тимура - Шадибек.
*Девлет-Берди — представитель династии Чингизидов. Боролся за власть в Золотой Орде в 20--х гг. XV в. Провозгласил себя ханом в Крыму. Сумел захватить ханский престол в Сарае, но через три дня был разгромлен и вытеснен оттуда другим претендентом на престол - ханом Бораком. Вероятно после этого Девлет-Берди погибает.
*Хаджи Гирей (Герай) хан ( ? - 1466 г.) - основатель независимого Крымского ханства, родоначальник династии Гиреев. По некоторым сведениям, родился в г. Тракае в Литве, где его семья временно проживала в эмиграции из-за междоусобиц в Крыму. В борьбе за независимость Крымского Улуса от Орды Хаджи Гирей опирался на поддержку знатных крымских родов и Великого княжества Литовского. Хаджи Гирей приходил к власти в 1428, 1433, и в 1449 г., когда наконец прочно утвердился на престоле и правил до конца своей жизни т.е., до 1466. Одной из важнейших инициатив хана была покинуть Солхат. Он выбрал крепость Кырк-Ер (Чуфут-Кале) в качестве своего постоянного местопребывания. Умер Хаджи Гирей в 1466 и похоронен в Салачике вблизи Кырк-Ера. В 1501 г. над его могилой было выстроено монументальное дюрбе (мавзолей), которое сохранилось до наших дней.
*Эвлия Челеби (1611-1679 гг. (1682?г.) - турецкий историк и путешественник. Более 40 лет путешествовал по территории Османской империи и сопредельных стран. Результатом его странствий стала "Книга путешествий", в которой Эвлия Челеби рассказывает о том, как побывал два раза в 1641-42гг. и в 1666-67 гг. в Крымском ханстве. Именно благодаря отрывку посвященному Крыму для исследователей открываются новые подчас интересные аспекты истории и культуры крымских татар и других народов, населявших полуостров в эпоху Крымского ханства.