В браке с покойной Ириной телеведущий прожил 24 счастливых года. Она подарила ему сына Колю и дочь Лизоньку. Однако коварный коронавирус в 2021 году, которым супруги заболели одновременно, унёс жизнь Иры, а Сергей выкарабкался. Так Бабаев стал вдовцом с двумя детьми на руках.
Чтобы развеять тоску по любимой женщине телеведущий пошёл в Школу Первого канала преподавателем. Там в конце 2023 года он встретил свою новую любовь – студентку по имени Юлия. Разница в их возрастах – 14 лет.
В конце марта 2024 года на премьере фильма «Страсти по Матвею» они появились вместе. Окружающие сразу заметили обручальные кольца на пальцах Сергея и Юлии. Новоиспечённому мужу второй брак явно пошёл на пользу – мужчина заметно постройнел и даже помолодел.
В последние месяцы российские зрители заметили, что Бабаев исчез с «Первого канала». Однако он продолжает ездить по командировкам и снимает прекрасные репортажи с места событий.