Священномученик Иоанн Преображенский родился в 1880 г. в Вологодской губернии в семье псаломщика, окончил Вологодское духовное училище, после вступления в брак в 1904 г. был рукоположен во диакона к Тошнинской Васильевской церкви, с 1906 г. служил во Власьевской церкви в Вологде. После закрытия храма большевиками отец Иоанн служил в храме святой Параскевы.
В 1929 г. отец Иоанн с женой и тремя детьми были выселены из дома. От супруги отца Иоанна требовали, чтобы она развелась с ним. Чтобы отвести от жены и детей опасность, отец Иоанн развелся, однако тайно помогал семье.
В 1930 г. в разгар сталинского наступления на Церковь, храм святой Параскевы был закрыт, отец Иоанн перешел служить в кладбищенскую церковь Рождества Богородицы, настоятелем которого был священномученик Константин Богословский.
В мае 1937 г. под предлогом расширения железной дороги власти приняли решение уничтожить кладбище. Жители города и особенно прихожане церкви увидели в этом начало наступления на храм. Было подписано коллективное письмо о сохранении кладбища, тем более, что прокладке параллельных путей оно не мешало.
Вскоре после этого духовенство и активные прихожане были арестованы. Общую судьбу разделили священномученики Константин Богословский и Иоанн Преображенский.
Диакону Иоанну поставили в вину слова: «Из церковных риз делают тапочки да мебель в театрах обивают, а мы, духовенство, ходим оборванные». Отца Иоанна обвинили в контрреволюционной агитации. Диакон не признал себя виновным. К этому времени Сталин уже развернул Большой террор и положение арестованных резко ухудшилось — отца Иоанна и защитников храма обвинили в том, что они «являются участниками контрреволюционной церковно-монархической группы».
19 сентября 1937 г. тройка НКВД приговорила священномученика Иоанна Преображенского к 10 годам лагерей. Отец Иоанн отбывал срок в Каргопольском лагере. 11 июня 1938 г. святой умер в заключении и был погребен в безвестной могиле.
В 2002 г. священномученик Иоанн был причислен к лику святых.