Задолго до создания Ордена Железный Феникс, в 001.М31 произошло загадочное исчезновение 23-й экспедиции Легиона Детей императора под руководством Лорда Командора 21-го Миллениала Никия Менхейма. Экспедиция была направлена в сектор Jobe для приведения к согласию и защиты всех миров, где живут люди, но во время перехода через бушующий варп произошла трагедия - они исчезли на десять тысяч лет, хотя для них прошел всего лишь месяц . Когда экспедиция вышла из Имматериума, их флот был внезапно атакован сторожевыми кораблями планеты Энос, которые ошибочно приняли их за врагов Империума.
По завершению скоротечной перестрелки, флагман экспедиции смог установить контакт со сторожевыми кораблями, убедив тех прекратить огонь. После, Лорд Командор, вместе с отборным отрядом лучших воинов 21-ого миллениала, высадился на планету и направился со всей своей делегацией ко дворцу местного губернатора, которым оказалась юная девушка Виктория Фон Сэлианц, она добродушно встретила делегацию воинов экспедиции и дала разрешение на пополнение запасов флота, после чего из дворца губернатора был отправлен сигнал Инквизиции и другим ведомствам Империума, чтобы разобраться в сложившейся ситуации. В это же время 23-я экспедиция в полном составе высадилась на поверхность планеты и развернула свои силы, готовясь к последующему развитию событий, не зная, как сильно изменилась галактика и не зная, что ожидать, в головах командования экспедиции были вопросы, где отец и остальные кузены и почему никто не знает о подвигах Детей Императора, слишком много вопросов мучило голову.
За то время, пока ждали имперские органы власти, экспедиция собирала информацию и помогала местному населению в защите системы.
Через пять лет на планету наконец-то прибыли представители Инквизиции, Администратума и Механикус - собравшись в одном месте, Лорд Командор со своими приближенными воинами начали переговоры с новым Империумом, который переродился за эти десять тысяч лет, для воинов Империума времён Великого Крестового Похода, оказался чужд и холоден, чего они не ожидали, новые реалии диктовали новые правила.
Воины экспедиции клялись в верности Императору, ещё ходившему среди людей и клятвы воинов решили подвергнуть проверке, что вызвало недоумение у многих воинов и непонимание, но всё же они решили доказать свою верность Императору и пройти все проверки.
После тщательных проверок, которые показали чистоту воинов всех без исключений и долгих разговоров о всем, что произошло после исчезновения экспедиции в бушующих просторах варпа, стало известно, что пока они застряли в варпе, произошла ересь Хоруса. Лорд Командор столкнулся с трудностями в принятии этой информации, что такое предательство могло случиться среди братских легионов, Лорд Командор сильнее всего опечалился о событиях на Истваане Три и Пять. После всей той информации которой он узнал и долгих раздумий, собранная делегация имперских органов предложила Лорду Командору создание собственного Ордена, чтобы продолжить дело, начатое еще десять тысяч лет назад.
После недолгих раздумий и обсуждений с офицерами экспедиции, Лорд Командор принял решение создать Орден, отказавшись от своего Примарха и имени Легиона. 23-я экспедиция назвала себя Железным Фениксом, символизируя этим свое перерождение. Имперские власти были великодушны и передали небольшой запас Чистого геносемени Третьего Легиона Ордену, чтобы тот мог пополнить свои ряды и продолжить сражаться за Империум с новой силой.
Инквизиция по личной просьбе Лорда Командора приложила максимальные усилия, чтобы сохранить тайну о происхождении Ордена Железный Феникс, скрывая это от глаз всего Империума. Только Инквизиция и Совет Терры знают о секрете происхождения этого Ордена и оказывают помощь Лорду Командору и его Ордену в знак уважения их чистой преданности Императору и Империуму.
Только Император знает, как далеко зайдут эти воины в своем желании защитить то, что им дорого.