Единственный коллектив, награждённый премией имени Салавата Юлаева — «за большой вклад в развитие и пропаганду башкирского профессионального хореографического искусства и высокое исполнительское мастерство».
Сложился коллектив в 1936—1938 гг. при концертно-эстрадном бюро Объединённых театров БАССР из учащихся балетного отделения Башкирского театрального училища и участников художественной самодеятельности. В 1938 году реорганизован в Башкирский ансамбль песни, пляски и музыки при создаваемой Башкирской государственной филармонии. 11 марта 1939 года ученик Игоря Моисеева Файзи Адгамович Гаскаров становится художественным руководителем ансамбля и задаёт направление развития коллектива. Эта дата считается днем рождения ансамбля.
В 1940 году выделяется в Башкирский государственный ансамбль народного танца. Летом 1940 года ансамбль совершил первые гастроли по Башкирии. В начале 1941 года готовился в Декаде башкирской литературы и искусства в Москве. В 1955 году участвовал в декаде башкирской литературы и искусства в Москве, которая дала «гаскаровцам» всесоюзную известность.
В 1988 году творческому коллективу было присвоено имя Файзи Гаскарова.
В 1991 году отделяется от филармонии и приобретает статус юридического лица и современное название. В 1994 году проходили одновременно две зарубежные гастроли — в США и Турции.
В декабре 1996 года Министерством культуры Российской Федерации ансамблю присвоено звание «Академический».
В 2007 году ансамбль Файзи Гаскарова обрёл свою собственную площадку — новое здание, не имеющее аналогов в Урало-Поволжском регионе.