Своё название водоём получил от древних финнов, первых обитателей этого края. В переводе оно означает «высоко расположенное озеро». В летописях его именовали Селигер – ещё в XII веке новгородские купцы переправляли по нему свои товары. В XVIII веке Петра I посетила идея объединить Селигер и Ильмень каналом – с целью открытия водного пути в Балтику, но этим планам не суждено было осуществиться.
Ещё озеро называют и Осташкинским (от рядом известного города Осташков) Была такая маленькая крепость на одном из Селигерских островов, первое упоминание о которой относится к 1371 году. В 1395 году ее захватили и сожгли новгородцы. Согласно легенде уцелел лишь некий рыбак Евстафий (Осташко). Переправился он на соседний остров – так и появился Осташков.
Селигер известен своими прозрачными водами, и на пятиметровой глубине видно как плавают щук
и, язи, лещи и судаки. Зверьё в лесах обитает разных видов.
На озере размещается Нило-Столобенская пустынь - Мужской православный Монастырь.
Расположенный на острове Столо́бном и частично на полуострове Све́тлица, в 10 километрах от города Осташков.