Юрий Лодыгин сделал первые шаги в футболе в деревенской команде. В 15 лет он оказался в составе молодежной команды греческого клуба «Ксанти», но в составе «Ксанти» у Юрия закрепиться не получилось, и вратарь был отправлен в аренду в футбольный клуб «Эордаикос». За «Ксанти» Юрий Лодыгин дебютировал лишь в сезоне 2011/2012, да так успешно, что уже в следующем сезоне стал основным вратарем команды и даже вызывался в молодежную сборную Греции.
За время его пребывания в Греции команды РПЛ неоднократно пытались приобрести Юрия, но не могли сойтись по цене трансфера с «Ксанти». Удовлетворить денежные аппетиты греков смог только самый богатый клуб РПЛ — «Зенит», который подписал контракт с Юрием в 2013 году, заплатив за трансфер 800 тысяч евро. За «Зенит» Юрий выступал до 2019 года, выиграв все возможные трофеи и сыграв несколько десятков матчей в еврокубках.
Также в свой зенитовский период Юрий стал вызываться в сборную России, где на отборочном этапе закрепил за собой место второго вратаря, проиграв конкуренцию лишь легендарному Игорю Акинфееву. Юрий был в составе сборной России на нескольких международных турнирах: чемпионат мира 2014 года и чемпионат Европы 2016 года. Всего, с учетом товарищеских матчей, за сборную России Лодыгин провел 11 матчей. Дебютировал Юрий в 2013 году в матче против Южной Кореи. В 2014 году состоялся дебют игрока на официальном уровне. Он вышел на замену в матче отборочного турнира к чемпионату Европы 2016 года против сборной Лихтенштейна.
После ухода из «Зенита» Юрий поменял несколько клубов, но успехов там не достигал, его часто мучили травмы, и закрепиться в какой-то команде ему не удавалось. Но в сезоне 2022/2023 Юрий подписывает контракт с греческим «Панатинаикосом», руководство клуба планировало сделать Юрия дублером основного вратаря команды Альберто Бриньоли на случай, если тот получит повреждение.
Однако Юрий сумел проявить себя на тренировках, и тренерский штаб начал предоставлять российскому голкиперу игровое время. В итоге старания Юрия были вознаграждены сполна, и 25 мая 2024 года ему доверили защищать ворота «Панатинаикоса» в финале кубка Греции против «Ариса». Юрий отыграл полный матч и сохранил свои ворота в неприкосновенности, а «Панатинаикос» победил со счетом 1:0, а Юрий на закате своей карьеры поднял над головой еще один трофей.
Карьера Юрия Лодыгина не была выдающейся, но то, что он смог вырасти от игры за деревенскую команду до выступлений за сборную России, заслуживает уважения. Возможно, когда-нибудь Netflix снимет фильм о жизни и карьере Юрия, но это уже совсем другая история.