Преподобный Нил родился в середине XV века в Новгороде. Он рос в благочестивой семье, любил молитву и читал Священное Писание. Когда его родители умерли, Нил принял постриг в монастыре Саввы Крыпецкого. Через 10 лет монашеской жизни преподобный Нил попросил настоятеля благословить его на пустынножительство. Он обошёл много необитаемых мест и остановился в лесу недалеко от реки Черемхи.
Там он проводил время в молитве и посте. Через некоторое время об отшельнике узнали окрестные жители и к нему потянулись люди за наставлениями и благословением.
Однажды в видении ему явилась Пресвятая Богородица и повелела идти на остров Столобный, который находится на озере Селигер. Он отправился туда. Первую зиму Нил прожил в выкопанной им в горе пещере, затем построил небольшую деревянную келью и часовню.
Преподобный подвизался на острове 27 лет, он с огромным терпением переносил все трудности и лишения. Спал преподобный Нил сидя, опершись на два больших крюка, вбитых в стену кельи. Отошёл ко Господу Нил Столобенский 20 декабря 1554 года.
После смерти преподобного на остров приходили другие иноки, которые останавливались в его келье. Около 1590 года там был построен деревянный храм в честь Богоявления. Вскоре возникла обитель, которую стали называть Ниловой пустынью. В 1665 году в монастыре произошёл пожар, сгорели все деревянные строения. Для богослужений построили временную церковь, и над гробницей преподобного Нила был заложен новый каменный храм.
Во время строительства храма земля осыпалась и были обретены нетленными мощи преподобного Нила Столобенского. Мощи сначала покоились в деревянном Покровском храме, а после освящения нового каменного Богоявленского храма были перенесены в него. Известно много исцелений, совершившихся у гробницы преподобного Нила по его святым молитвам. Сейчас мощи преподобного находятся в Знаменском храме в городе Осташкове Тверской епархии.
О вели́кий уго́дниче, пресла́вный чудотво́рче, собра́нного зде о тебе́ ста́да Христо́ва до́брый па́стырю и оби́тели сея́ Бо́гом да́нный нача́льниче, Ни́ле всеблаже́нне! Душе́ю на Небеси́ Престо́лу Бо́жию предстоя́й и Тро́ичныя сла́вы наслажда́яйся, те́лом же на земли́ в Боже́ственном хра́ме сем почива́яй и от него́ да́нною ти свы́ше благода́тию разли́чная источа́яй чудеса́, при́зри ми́лостивым о́ком на предстоя́щия честне́й твое́й ра́це лю́ди и прося́щия си́льныя твоея́ по́мощи. Се бо мы в безме́рных согреше́ниях оскверни́вшиися и в ти́не страсте́й при́сно валя́ющиися, пра́ведный гнев Бо́жий на себе́ наведо́хом и вся́кия ми́лости недосто́йны сотвори́хомся; те́мже и не сме́юще возвести́ оче́с на́ших к высоте́ Небе́сней, ниже́ вознести́ моле́бный глас, се́рдцем сокруше́нным и ду́хом смире́нным тебе́ в хода́тайство и посо́бие призыва́ем. Ты у́бо, я́ко стяжа́вый дерзнове́ние, воздви́гни горе́ преподо́бныя твоя́ ру́це, я́коже иногда́ чу́дный о́ный Моисе́й Богови́дец Амали́ка побежда́яй, и просте́р к Го́споду Творцу́ всех и Бо́гу те́плую свою́ моли́тву, испроси́ Це́ркви благостоя́ние, возду́ха благорастворе́ние, земли́ плодоно́сие. Изба́ви же всех, ве́рою несумне́нною к Бо́гу приходя́щих и многоцеле́бныя мо́щи твоя́ благогове́йно почита́ющих, от вся́ких бед душе́вных и теле́сных, от всех томле́ний и прило́гов диа́вольских. Бу́ди печа́льным уте́шитель, неду́гующим врач, напа́ствуемым помо́щник, наги́м покрови́тель, вдови́цам засту́пник, си́рым защи́тник, младе́нцем пита́тель, ста́рым укрепи́тель, стра́нствующим путево́ждь, пла́вающим ко́рмчий и исхода́тайствуй всем, кре́пкия по́мощи твоея́ усе́рдне тре́бующим, вся я́же ко спасе́нию поле́зная. Я́ко да твои́ми моли́твами наставля́еми, путь на земли́ маловре́меннаго жития́ на́шего безбе́дне соверши́м, улучи́м же на Небеси́ несконча́емый поко́й и просла́вим ку́пно с тобо́ю всех благи́х Да́теля, еди́наго в Тро́ице сла́вимаго Бо́га Отца́ и Сы́на и Свята́го Ду́ха, ны́не и при́сно, и во ве́ки веко́в. Ами́нь.
Память преподобному Нилу Столобенскому совершается 9 июня, в день обретения его мощей.