Строительство храма в древнем селе Хабоцкое началось в конце XVIII века и было завершено в 1824 году.
Во времена правления Ивана Четвертого Васильевича (Грозного) село Хабоцкое было даровано одному из опричников – костромскому дворянину Ивану Шестову.
Иван Шестов в качестве приданного отдал Хабоцкое своей дочери Ксении Ивановне, которая в 1585 году вышла замуж за Федора Никитича Романова (будущего патриарха Филарета). А в 1596 году у них родился сын Михаил, который в 1613 году был избран первым царем новой династии Романовых.
В советское время здание использовалось как зернохранилище.
В конце 1990-х году у храма рухнул купол.
Особенно поражают настенные росписи, созданные в 1850-60-е гг. Несмотря на отсутствие крыш, они сохранили живость и яркость первоначального замысла. К сожалению, росписи постепенно опадают и разрушаются.
А ещё тут в 2012 году наряду с другими храмами Бежецкой округи Хабоцкое стало живописной декорацией к одной из сцен фильма Алексея Балабанова "Я тоже хочу".
Нашла информацию что в мае и ноябре 2023 года проект «Консервация» организовал экспедиции по северо-востоку Тверской области вместе с реставраторами монументальной живописи и студентами.
Одной из точек маршрута стало и село Хабоцкое, где участники экспедиции осмотрели храмовые росписи и оценили их актуальное состояние. Кроме того, в мае того же года волонтеры начали сбор фрагментов фресок, чтобы уберечь их от полного разрушения и растаптывания случайными посетителями.
Теперь тут даже установлена табличка с исторической справкой про село и церковь.