Кроме Трубецкого бастиона на территории Петропавловской крепости была еще одна тюрьма, о которой знали очень и очень немногие. Находилась она в Алексеевском равелине, отделенном от других построек крепости валом с кольями, через который был переброшен мост.
Построена эта суперсекретная темница была при Екатерине II, в 1769 г. и перестроена при Павле I. В ней было всего лишь два десятка камер и попасть туда можно было только по личному распоряжение императора, другими словами, предназначена тюрьма была для его личных врагов. Выйти оттуда также можно было только по императорскому указу, впрочем, это случалось очень редко, обычно оттуда своими ногами не выходили. Узники тюрьмы не имели имена, только номера. Все встречи и свидания с родственниками, и такое случалось, проходили в Трубецком бастионе. Умерших узников также приносили сначала в Трубецкой бастион, а уже потом хоронили, причем под первым попавшимся именем.
Служило при тюрьме 50 человек, жили все служащие, вместе со смотрителем, также на территории тюрьмы.
Говорят, что одной из первых узниц Секретного дома стала княжна Тараканова, известная тем. Что выдавала себя за дочь Елизаветы Петровны и до конца своей жизни так и не признавшаяся, кем является на самом деле. Умерла она в 1775 году, скорее всего от туберкулеза, хотя на картине живописца Флавицкого она изображена в камере во время наводнения. Трагедия действительно имело место в Санкт-Петербурге, и во время наводнения даже смыло острог на Васильевском острове, но произошло это в 1777 году, к тому моменту княжна Тараканова уже два года как была мертва.
Не менее трагична и загадочна была судьба еще одного узника Секретного дома Гавриила Степановича Батенькова, поэта и декабриста. Хотя по сути никаким декабристом он не был, дружил со Сперанским, ни в каких обществах не состоял, и планах 14 декабря 1825 года не знал и на площади не был. Однако он сам написал государю письмо, прося причислить его к бунтовщикам, чтобы он мог разделить их судьбу. Однако ссылать его в Сибирь было бы глупо, так как Гавриил Степанович был оттуда родом, поэтому его приговором стало 15-летнее заключение в тюрьме. Однако в тюрьме он провел почти 20 лет (о нем попросту забыли), первые 7 из которых ему было запрещено гулять даже по коридору. Освободили его только после назначения шефом жандармов любимца императрицы Алексея Орлова, который немало поспособствовал этому событию.
В 1851 году сюда попал друг Лермонтова Сергей Трубецкой за кражу супруги почетного гражданина Алексей Жадимировского Лавинии, по слухам, с свое время достаточно резко отказавшей в благосклонности императору Николаю I. Пару после долгих поисков нашли в Тифлисе. Лавинию отправили в матери, Сергея – в Равелин, после чего разжаловали в солдаты.
В 1862 годах здесь оказался Николай Чернышевский за свои воззвания к крестьянам. Он провел в одиночной камере Секретного дома почти два года, хотя дело против него было явно сфабриковано. Именно здесь он пишет свой роман «Что делать» всего за 4 месяца и отсылает его из равелина прямо в издательство «Современник».
А 1893 году равелин снесли, а на его месте возвели военный архив, здание которого сейчас передано Музею истории Санкт-Петербурга.