Существует два метода микроКТ-микроскопии:
Без применения фильтра (этот метод позволяет выявить все детали, даже едва заметные, но может привести к появлению артефактов на изображении).
Использование только одного фильтра (самого тонкого из доступных), который может удалить артефакты за счет снижения уровня детализации (плохого контраста). Для целей исследования был выбран первый метод.
В работе использован микротомографический сканер Skyscan 1176 (Bruker, Бельгия).
Хочу показать результаты в работе с разными группами животных. Вы полненных с коллегами.
Процедура:
1 фиксация образца в этаноле;
2 вымачивание образца в 1 % растворе спирта J2 в течение 72 часов;
промывка образца в 96 % этаноле (5 минут).
Настройки сканирования, введенные в управляющее программное обеспечение Skyscan 1176 (10.0.0.0, Bruker-microCT, Бельгия), были следующими: напряжение рентгеновской трубки – 40–45 кВ; ток 550–600 мкА; фильтры, без фильтра; Аl, 0,2 мм; размер пикселя 8,87 мкм; поворот образца за шаг, 0,3–0,4 градуса; усреднение кадров.
Как проходит процесс сканирования в реальном времени
Изучаем жука с помощью томографа с комментариями
Сканированные объекты реконструировали с помощью программного обеспечения NRecon (1.7.4.2, Bruker-microCT, Бельгия) с применением следующих ключевых параметров реконструкции: сглаживание (2–4); включена коррекция кольцевых артефактов (10); лучевое упрочнение (0–15).
Программное обеспечение DataViewer (1.5.6.2, Bruker-microCT, Бельгия) использовалось для установки параметров пространственной ориентации (x, y, z) и выбора отдельных областей реконструкции.
Программное обеспечение CT-Analyzer (1.18.4.0, Bruker-microCT, Бельгия) использовалось для визуализации и анализа данных.
Программное обеспечение CTvox (3.3.0r1403, Bruker-microCT, Бельгия) использовалось для обеспечения 3D-визуализации полученных результатов в зависимости от плотности рентгеновского излучения. Это было сделано с использованием шаблона, который оказался наиболее подходящим
ролики созданные в процессе изучения мелких беспозвоночных
Далее для 3D-моделей были выбраны подходящие ракурсы, а изображения были созданы и впоследствии обработаны в Adobe Photoshop CS5.
Были проанализированы статьи, описывающие методы микроскопии с использованием микротомографического сканера. Это лучше для изучения крупных объектов
Нами с коллегами написана статья по методике изучения анатомии и морфологии мелких животных
Буду рад комментариям специалистам на калалах Дзен, а как проводите эти исследования Вы?
Мы пришли к выводу:
Для достижения наилучших результатов образцы следует замочить в контрастном растворе люголя (72 часа), а затем высушить перед сканированием. Это приводит к гораздо большей разнице плотностей между исследуемыми тканями и окружающей средой (в данном случае воздухом) по сравнению со сценарием, когда образец сканируется в жидкой среде, плотность которой примерно равна плотности его тканей. Благодаря этому методу полученные микротомографические срезы будут иметь более высокий уровень контрастности. Мы подготовили протокол VOI, который в будущем будет полезен для ускорения аналогичных исследований, ориентированных на другие группы животных. Это облегчит создание 3D-моделей органов, тканей и всего тела. Эти материалы можно использовать при составлении атласов проведения лабораторных занятий в профильных ВУЗах. Подключение нейросети к этим исследованиям - моя следующая статья. Нейросеть хорошо обрабатывает большой объем данных.
Если Вам интересны мои материалы буду рад Вас видеть на канале @sergeybiologist