Официально о реставрации императорской власти в Японии было объявлено высочайшим манифестом 3 января 1868 г. Политическая система бакуфу ликвидировалась, правда, сёгун получил приглашение возглавить правительство до выработки новых принципов государственного устройства.
Противники сёгуна – даймё из юго-западных княжеств, окружавшие молодого императора Мэйдзи, были недовольны таким решением. В стремлении подорвать могущество Токугава они склонили микадо нарушить достигнутые ранее договоренности. Теперь Токугава Ёсинобу не только не получал никаких правительственных должностей, но и от него потребовали вернуть все фамильные земли и казну бакуфу.
Сёгун ожидаемо отказался выполнять такие унизительные условия и заявил о своем намерении освободить императора из-под влияния «недостойного окружения». Вялые переговоры следующих нескольких недель не смогли предотвратить начала гражданской войны известной в истории Японии как война Босин.
Армия сёгуната численно превосходила императорскую, но заметно уступала ей в качестве вооружения. Самой боеспособной частью войск Токугава был корпус дэнсютай – примерно 800 пехотинцев и кавалеристов обученных французскими инструкторами в предыдущем году. Грозной силой был флот сёгуна под командованием адмирала Эномото Такэаки изучавшего морское дело в Нидерландах.
Первое большое сражение произошло 27-30 января 1868 г. при Тоба-Фусими в предместьях Киото и закончилось победой императорских сил. Поражение и что больше, поведение сёгуна, покинувшего войска и бежавшего из Осаки в Эдо, произвели на его сторонников и западные державы нехорошее впечатление. Одновременно 28 января Эномото Такэаки разбил флот княжества Сацума в морской битве при Аве.
Гражданская война спровоцировала в японском обществе рост ксенофобии, давшей себе выход в нападениях на иностранцев. Например, 4 февраля в городе Нисиномии и 3 марта в порту Сакаи произошли конфликты французских офицеров и моряков с самураями императорских войск. И если первый раз дело закончилось ранениями, то во второй, одиннадцать французов было убито.
До начала боевых действий Токугава Ёсинобу обратился к иностранным миссиям с просьбой сохранять нейтралитет в будущем конфликте. Теперь западные дипломаты пытались по мере возможностей защитить соотечественников, прибегая, в том числе, к силовым методам.
18 февраля по инициативе посла Англии представители США, Пруссии, Италии, Голландии и Франции подписали декларацию о нейтралитете. Однако по мере успехов императорских сил иностранные правительства все более и более скептически смотрели на слабевший сёгунат. На практике единственно французский посол Леон Рош – близкий советник Токугава Ёсинобу – вел другую игру. Рош подначивал сёгуна продолжать сопротивление, тем более, в самой Японии оставалась миссия капитана Шарля Шануэна. Участники последней тоже втягивались в события. Жюль Брюне во время столкновений 19 января в Эдо давал советы самураям Токугава как захватить дворец их врага князя Сацума, одного из вожаков императорской партии; наблюдал за полем боя при Тоба-Фусими и он же 6 февраля встречался с сёгуном в составе группы французских офицеров для обсуждения плана дальнейших действиях.
Усилия Роша прошли впустую. Понимая, что чаша весов склонялась не в его пользу и, не желая множить бедствия кровавой междоусобицы, сёгун заявил в первых числах марта о желании порвать с политикой и жить простым гражданином. Французский посол разочаровавшись подал в отставку.
Через два месяца, 3 мая, императорские войска заняли замок Эдо – резиденция сёгуна и символ его власти пали. Объявленный виновников гражданской войны Токугава Ёсинобу был отправлен под домашний арест. Тем не менее, его вассалы и самураи не сложили оружия. Лето и большую часть осени 1868 г. шли военные кампании. В октябре сдался последний опорный пункт сторонников Токугава на острове Хонсю замок Вакамацу.
К этому времени французская военная миссия Шануэна полгода пребывала без дела в Иокогаме. Несмотря на усилия нового посла Максима Утрея наладить отношения с императорским правительством, осложненные просёгунскими симпатиями Леона Роша, оно заявило о желании прекратить сотрудничество с французами. Японцы выплатили офицерам задержанное за несколько месяцев жалованье и взяли на себя расходы по обратному пути. Миссия должна была в два приема 15 и 28 октября покинуть Японию.
И вот тут у капитана Брюне созрел план помочь верным сёгуну войскам. Брюне обратился к Утрею: имеет ли он право в качестве посла принять отставку офицера? Получив отрицательный ответ, Брюне больше не поднимал эту тему, опасаясь преждевременно раскрыть свои намерения. Понимая, что его действия были не только незаконными, но и компрометирующими, Брюне решил что будет отныне действовать в статусе простого иностранца-волонтера. С тяжелым сердцем 4 октября он подал на имя военного министра прошение об увольнении из французской армии в звании капитана артиллерии. Капитанские галуны Брюне получил больше года назад в августе 1867 г.
Поступок Брюне не был безумием или безрассудной храбростью. Им двигало разочарование от неудач французской политики в Японии по поддержке сёгуната Токугава, особенно болезненных на фоне успехов Англии, к которому добавлялось нежелание бросать обученных им солдат. В письмах Шануэну и императору Наполеону III он с одной стороны говорил о «неудачном окончании» военной миссии, «провале французской политики» и общеизвестных «интригах», намекая на замену Леона Роша Максимом Утреем. С другой, даймё Северного союза – коалиции анти-императорских княжеств – просили Брюне, принимая во внимание его симпатии и опыт, помочь в ситуации, когда их командные структуры и вооружение выглядели архаично.
4 октября 1868 г. под предлогом посещения арсенала в Йокосуке Брюне оставил расположение французской миссии в Иокогаме и присоединился к бросившему якорь у берегов Эдо флоту сёгуната. Адмирал Эномото Такэаки переправил отряды Северного союза на самый северный из четырех главных островов Японии – Эдзо (Хоккайдо), где должен был разыграться последний акт войны Босин.
