Устав Задонского Рождество-Богородицкого мужского монастыря был утверждён митрополитом Мефодием 10 января 1992 года. Непосредственное управление делами обители было вверено архимандриту Никону, который в октябре 1991 года был официально утверждён указом правящего архиерея в должности наместника.
Одной из самых острых проблем восстанавливаемой обители в те годы было размещение увеличивающегося числа насельников. В течение почти трёх лет братия, послушники и гости вынуждены были ютиться в нескольких комнатах, выделенных кульпросветучилищем в общежитии, которое занимало старую монастырскую гостиницу — единственное здание на момент начала возрождения обители, где можно было устроить кельи. Монашествующие, в том числе и облечённые саном, жили по 10-12 человек в комнате. Кровати стояли даже в коридоре. О каком молитвенном уединении и сосредоточении могла идти речь?
Тем не менее, эти сотни дней и десятки месяцев, проведённые в постоянных трудах и в условиях бытового неустройства, сыграли положительную роль в формировании состава насельников. Как не вспомнить слова апостола Павла, обращённые к филиппийцам: «Умею жить и в скудости, умею жить и в изобилии; научился всему и во всём, насыщаться и терпеть голод, быть и в обилии, и в недостатке; всё могу в укрепляющем меня Иисусе Христе» (Фил. 4, 12-13). Те, кто не побоялся стеснений и неудобств, кто не оставил изнурительных трудов по восстановлению обители ради более благоустроенного монастыря, закалились душой и укрепились на избранном пути. Практически все монахи в сане, служащие сегодня во Владимирском соборе, были рукоположены из числа насельников обители.