Смерть Нагисы принесла так много боли и разочарования Томое, но в конце безумно сложного пути, он все же сумел оправиться от столь страшного события. Но неужели это был не луч света среди темного неба? Ведь уже скоро Усио ждет участь Нагисы Фурукавы и изменить ничего нельзя.
Первый сезон
Первый сезон аниме рассказывает о школьных буднях Томое Окадзаки и его друзьях. После смерти матери Окадзаки отец разочаровывается в жизни, но все же находит в себе силы обеспечить своего сына, ведь этого хотела его жена. Отец становится безэмоциональным, часто выпивает, и в итоге его отношения с сыном портятся.
Томое после трагической смерти матери стал хулиганом, часто пропускал уроки. Но все изменилось, когда он встретил Нагису.
Томое решаться помочь Нагисе вернуть драм-кружок, после чего к ним присоединяются друзья и задача становиться посильной для столь дружной компании.
Второй сезон
Основной сюжет начинается во второй половине второго сезона. Нагиса выходит замуж за Окадзаки Томое и казалось бы, что может пойти не так.
Томое с Нагисой переезжают на съемную квартиру, Томое находит работу. Но к сожалению, вскоре после тяжелых родов, Нагиса погибает, оставляя Окадзаки с его дочкой Усио.
Первое время Окадзаки не находит в себе сил заботиться об Усио и оставляет это на родителей Нагисы. Сам же главный герой запирается в своей съемной квартире. Но после небольшой хитрости родителей Нагисы, Томое встречается со своей дочкой, проводит с ней какое-то время, и понимает, что не должен ее оставлять.
Проходит время, жизнь снова начинает налаживаться, но в какой-то момент выясняется, что у Усио слабое здоровье как и у ее матери Нагисы. В следствие чего в один из морозных дней Усио погибает на руках у отца.
Концовка
Чтобы разобраться в концовке аниме нужно обратиться к первоисточнику, а именно к игре 2004 года - Clannad. В игре c жанром визуальной новеллы несколько концовок. Но для того чтобы получить главную придется потрудится собрать 13 концовок.
В визуальной новелле есть "Сферы света", которые также есть в аниме. Они способны исполнять желания, но их сила довольно ограничена. Они создаются, когда кто-то помогает другому достичь цели, которая приносит счастье. По неизвестным причинам.
Томое - один из немногих людей, которые могут видеть их сейчас, хотя в прошлом они были видны всем. В игре Томоя получает один шар за каждый пройденный маршрут, всего шаров 13. Все это необходимо, чтобы достичь истинного конца, где Нагиса и Усио не умрут.
В самом конце, когда Усио умирает на руках Тамое, главный герой загадывает желание - Он желает, чтобы Нагиса с Усио не умирали и они жили вместе как семья. И благодаря тому, что в альтернативных концовках Томое помогал своим друзьям и делал их счастливыми, его желание исполнилось. Все вернулось к моменту рождения Усио, ни Нагиса, ни Усио не погибли и друзья снова встретились у ворот школы.