Старообрядцев в дореволюционном Кронштадте было совсем мало. Перепись 1897 года показала 309 человек, а через 13 лет их количество увеличилось до 528. В их числе были купцы, служащие морского и военного ведомств, ремесленники, рабочие. Долгое время собственного храма у них не было.
В Российской империи противники реформ патриарха Никона подвергались всяческим гонениям. Неудивительно, что они предпочитали держаться подальше от городов и переезжали в малонаселённые области Урала и Сибири, а то и за границу.
В XIX веке репрессии в отношении старообрядцев несколько ослабли. В частности власти поощряли так называемое "единоверие", то есть признание староверами Московского патриарха при сохранении старых богослужебных чинов. В отношении же упорствующих преследования продолжались. Вплоть до 80-х годов XIX века им не разрешили занимать общественные должности. Браки, заключенные старообрядцами не признавались и дети, рождённые в "раскольничьих семьях" считались незаконнорожденными. Только с 1874 года был введен гражданский брак, приравненный для старообрядцев к церковному. Сохранялись запреты на строительство храмов, скитов и издание любых богослужебных книг.
В начале XX века ограничения сохранялись, но власти смотрели на их нарушения сквозь пальцы, и в 1903 году в Кронштадте открылась старообрядческая домовая церковь во имя Казанской иконы Божией Матери. Устроена она была купчихой Коноваловой в обширной (почти в сто метров) комнате на шесть окон в квартире №11 в доме №12 по Сайдашной улице (ныне улица Велещинского).
В 1905 году указ императора Николая II отменил законодательные ограничения для старообрядцев и церковь в Кронштадте действовала уже официально. Теперь кронштадтские и ораниенбаумские староверы могли совершенно легально совершать там требы. С 1915 года Морское министерство даже стало выделять настоятелю деньги для оплаты окормления нижних чинов.
После Октябрьской революции и Гражданской войны число старообрядцев в Кронштадте сократилось до пяти семей. Но службы в храме продолжались еженедельно, по субботам и воскресеньям. В 1920-е годы власти явно приняли решение церковь ликвидировать. Инструментом давления на прихожан стала арендная плата за пользование помещением, которая была установлена на неподъёмном уровне. Храм пытались спасти ленинградские старообрядцы, предложившие передать его Общине Громовского кладбища и Московской заставы, но им было отказано. В итоге, весной 1927 года церковь была закрыта.
