Он появился на свет 7 мая 1946 года в Москве в семье актрисы Марины Федотовны Захаренко и театрального режиссёра Владимира Владимировича Бортко — своего полного тёзки. Родители будущего режиссёра рано развелись, так что воспитанием Володи занимался отчим — драматург Александр Корнейчук, который перевёз семью в Киев. Мальчик рос в творческой атмосфере, но сам не сразу решил связать жизнь с искусством. В учёбе он успехов не делал, так что, окончив восьмилетку, поступил в геологоразведочный техникум, а после был призван в ряды советской армии и отправился отдавать долг родине.
После демобилизации Владимир устроился электриком в киевский «Военпроект», однако быстро понял, что чинить проводку — совсем не его мечта. Дважды он пробовал поступить в Киевский институт театрального искусства, но никак не мог написать без ошибок вступительное сочинение. Лишь третья попытка оказалась успешной — на этот раз Бортко заготовил шпаргалки и на экзамене сумел незаметно переписать текст.
Получив заветный диплом, Владимир Бортко был принят ассистентом режиссёра на студию имени Довженко. Здесь начинающий кинематографист набирался опыта, а вскоре дебютировал с собственным фильмом «Канал» — о непростой жизни молодых механизаторов. После этого режиссёр перебрался на «Ленфильм», где начал одну за одной выпускать новые картины. На экраны вышли «Комиссия по расследованию» с Олегом Ефремовым в главной роли, «Мой папа — идеалист», «Без семьи».
Широкую известность Владимиру Бортко принёс его четвёртый фильм — мелодрама «Блондинка за углом» с Татьяной Догилевой и Андреем Мироновым полюбилась зрителям и стала лидером проката. Очередным громким успехом режиссёра оказалась двухсерийная экранизация булгаковского «Собачьего сердца» — картина получила несколько наград на международных кинофестивалях, а режиссёр и другие члены съёмочной группы были удостоены Государственной премии.
Следом Бортко выпустил военную драму «Афганский излом», где в главной роли блеснул знаменитый итальянец Микеле Плачидо. С конца 90-х режиссёр переключился на телесериалы. Под псевдонимом Ян Худокормов он снял первые серии знаменитой «Улицы разбитых фонарей». Затем на телеэкраны вышли «Бандитский Петербург», «Идиот», «Мастер и Маргарита» — все проекты имел большой успех и собрали внушительную зрительскую аудиторию.
Острую полемику в СМИ вызвала новая лента режиссёра «Тарас Бульба» с украинским актёром Богданом Ступкой в главной роли — сюжет фильма значительно отличался от оригинальной повести Гоголя, а режиссёра обвинили в политизированности и пропаганде. При этом сборы в прокате лишь ненамного превысили производственные расходы. А следующая картина Бортко и вовсе оказалась провальной — при бюджете в 640 миллионов драма о разведчиках «Душа шпиона» принесла своим создателям чуть больше одного миллиона. Впоследствии Владимир Бортко пытался запустить в производство ещё пять собственных сценариев, однако так и не смог найти спонсоров. Последней лентой режиссёра стала мелодрама «О любви» с Анной Чиповской, Дмитрием Певцовым и Алексеем Чадовым.
После этого режиссёр заявил, что завершает кинокарьеру и будет пробовать себя в качестве театрального постановщика. На сцене «Балтийского дома» он поставил спектакль по собственной пьесе «Молот ведьм», а затем взялся за легендарную «Антигону».
Помимо театра и кино Владимир Бортко активно участвовал в политической жизни страны. Режиссёр был депутатом Госдумы от КПРФ и занимал должность зампреда комитета по культуре. По инициативе Бортко был принят «антипиратский закон». Также он был соавтором 47 законодательных инициатив и поправок к федеральным законам. В 2019 году Владимир Бортко выдвигался на пост губернатора Санкт-Петербурга, но впоследствии снял свою кандидатуру, заявив, что завершает политическую карьеру: «Со мной всё кончено, я — политический труп».
О личной жизни знаменитый режиссёр распространяться не любит. Вот уже больше полувека Владимир Бортко женат на сценаристе и продюсере Наталье, с которой они познакомились в годы учёбы в Киевском институте театрального искусства. Вместе с мужем Наталья работала над сценариями нескольких фильмов. По словам режиссёра, он никогда не давал супруге поводов для ревности — ведь не в его принципах изменять своему выбору. В семье родился сын, которого по традиции назвали Владимиром. Продолжателем творческой династии Владимир Бортко-младший не стал — он окончил Санкт-Петербургский университет и посвятил себя изучению языка древнекитайской народности тангутов.