По убеждению коптов, святое семейство вошло на египетскую землю в районе древнего города Рафия. Роль пограничного современный город Рафах в Секторе Газа сохранил и сегодня — как переходный пункт из Египта в Палестинскую автономию. Он расположен на берегу Средиземного моря, близ северо-восточной оконечности Синайского полуострова. Копты полагают, что выходя из Рафаха, беглецы не встали ни на один из трёх караванных путей, идущих из Рафаха через Синай. Скрываясь от погони, которую мог послать вослед им царь Ирод, почти 100 км они двигались непроторёнными дорогами, вернувшись к берегу Средиземного моря, как считается, в 37 км к западу от города Эль-Ариш.
Следующей точкой, к которой Иосиф, Мария и Иисус двинулись вдоль берега моря на запад, был Пелузий (ныне аль-Фарам) — большой город на берегу самого восточного рукава Нила, восточные ворота Египта на морском пути к Палестине и Сирии. Ни в Рафахе, ни в Эль-Арише, ни в Пелузии следов пребывания Святого семейства не осталось.
Продолжая свой путь вдоль рукава Нила на юго-запад, беглецы вышли к городу Бубастису (греч. Βούβαστος; ивр. Pî-beset). Упоминаемый в Ветхом Завете Иезекиилем («Молодые люди Она и Бубаста падут от меча, а прочие пойдут в плен» (Иез. 30:17)), Бубастис был в Древнем Египте не только провинциальной столицей (XVIII нома Именти-хенти), но и центром поклонения богине Бастет — одной из тех, кто олицетворял плодородие в языческом пантеоне древних египтян. Изображали они её либо в виде кошки, либо в виде женщины с головой кошки, держащей в руках систр, с четырьмя котятами у её ног.
По описаниям Геродота, посетившего Бубастис за пять веков до прибытия туда Святого семейства, главный храм Бастет стоял внутри города на острове, образованном двумя каналами, отведёнными от Нила. Остров был окружён каменной стеной, украшенной статуями. По коптскому преданию, когда Святое семейство входило в города, стоявшие там идолы падали и разбивались. Не был исключением и Бубастис, в связи с чем беглецам пришлось не только покинуть этот город, но и «изрядно поколесить по дельте» (называются Мостород, Бильбейс, Саха) прежде чем найти новое пристанище в районе Вади-Натрун в Ливийской пустыне.
Натриевая долина, как можно приблизительно перевести Вади-Натрун — впадина протяжённостью примерно 60 км, образовавшаяся вдоль русла пересохшей реки (вади). С ранних времён Нитрийская, или Скитская пустыня стала, начиная с IV века (после 330 года), одним из центров монашества, и само её название (Scetis, Scythis, al-Isqit, al-Askit, Shiet, Shihat, Shihet, Scitium) дало имя жилищу отшельника — скит.
