Subnatica — это сюжетная игра про космос и планету 4546B. Она не предназначена для людей, боящихся воды, потому что игровой процесс связан с подводной жизнью.
Главный герой Робин терпит крушение на космическом корабле «Аврора», который имеет мощное и звучное имя. Робин вынужден эвакуироваться из корабля в спасательную капсулу, где при приземлении всё начинает летать. В этот момент Робину по лбу прилетает планшет, и он теряет сознание.
Проснувшись в капсуле на воде, Робин обнаруживает взорванный корабль «Аврора» и получает задание добыть ресурсы для создания инструментов, без которых он не сможет ничего сделать.
В игре представлено множество локаций — всего их 30. Игра хорошо сделана, но содержит много багов, которые разработчики пытаются исправить. Также в игре присутствуют живые организмы и тайное сообщество, из-за которого Робин находится на планете 4546B, так как корабль «Аврора» был сбит ПВО тайного сообщества. Среди обитателей планеты есть костяная акула, сталкер, трусливый скат, песчаная акула, жнец, император, морской дракон, крабовая змея, летяга, призрачный левиафан, лавовая ящерица и ласка.
В игре есть транспорт, такой как мотылёк, робокраб и субмарина «Циклоп». У персонажа есть ячейки для еды, здоровья, воздуха и воды. Чтобы получить еду, нужно поймать рыбу и приготовить её, воду можно получить, поймав особую рыбу, а для увеличения запаса воздуха нужен скафандр, который можно улучшать. Для создания чего-либо сначала нужно собрать необходимые ресурсы и изучить структуру объекта.
В игре есть два острова, на которых находятся строения других, к сожалению, неживых исследователей.