Несоблюдение или ненадлежащее исполнение установленного законодательством Российской Федерации порядка составления и рассмотрения проектов бюджетов, утверждения бюджетов, исполнения и контроля за исполнением бюджетов бюджетной системы РФ считается нарушением бюджетного законодательства, что влечет применение к нарушителю санкций. Согласно статье 282 БК РФ, к нарушителям бюджетного законодательства могут быть применены различные меры воздействия, такие как предупреждение о ненадлежащем исполнении бюджетных обязательств, блокировка расходов, изъятие бюджетных средств, приостановление операций по счетам в кредитных организациях, наложение штрафов, начисление пеней и другие меры. Основаниями для применения санкций за нарушение бюджетного законодательства РФ могут быть несоблюдение закона (решения) о бюджете, недопустимое использование бюджетных средств и неперечисление бюджетных средств получателям.
Неполное или несвоевременное перечисление бюджетных средств получателям, задержка в зачислении бюджетных средств на счета получателей, несвоевременное представление отчетов и других данных по исполнению бюджета, задержка в представлении проектов бюджетов и отчетов об исполнении бюджетов, отсутствие открытия счетов бюджета в банках при наличии отделений Банка России на соответствующей территории, а также другие основания, установленные законодательством РФ, могут привести к применению мер принуждения. Руководители федеральных органов исполнительной власти и их территориальных органов, включая Федеральное казначейство и Росфиннадзор, имеют право списывать суммы бюджетных средств, подлежащих возврату, в бесспорном порядке, взыскивать пени за просрочку возврата бюджетных средств и другие меры в соответствии с законодательством. Руководители Росфиннадзора имеют специальные полномочия по списанию сумм, предоставленных из федерального бюджета и использованных не по целевому назначению, а также могут выносить представления о ненадлежащем исполнении бюджетного процесса. В случае нарушений могут быть применены штрафы и другие меры ответственности в соответствии с законодательством.Нарушения в использовании бюджетных средств, такие как направление и использование средств на цели, не соответствующие условиям их получения, могут привести к привлечению к административной ответственности согласно Кодексу об административных правонарушениях РФ. Штрафы, изъятие средств и уголовное наказание могут быть применены к руководителям получателей бюджетных средств в случае нецелевого использования средств. Также предусмотрены штрафы и изъятие средств за несвоевременный возврат бюджетных средств. Неперечисление или несвоевременное перечисление бюджетных средств также может повлечь за собой штрафы для руководителей государственных органов и компенсацию получателям. Финансирование расходов сверх утвержденных лимитов может привести к наложению штрафов на руководителей государственных органов. В случае нецелевого использования бюджетных средств предусмотрено наказание в виде штрафа, ареста или лишения свободы.
Согласно Кодексу об административных правонарушениях РФ и Бюджетному кодексу РФ, в случае выявления нарушений в использовании бюджетных средств производится изъятие сумм средств или выносится предупреждение о ненадлежащем исполнении бюджетного процесса. При наличии уголовного состава предусмотрено привлечение к уголовной ответственности. Согласно статье 287 Уголовного кодекса РФ, отказ в предоставлении информации Федеральному Собранию или Счетной палате РФ также подлежит уголовной ответственности. Нарушения в проведении государственных или муниципальных закупок могут привести к блокировке расходов и привлечению к административной ответственности. Руководители государственных органов могут быть привлечены к уголовной ответственности за умышленное завышение или занижение цен при закупках. Нарушения в порядке предоставления бюджетных кредитов, инвестиций, гарантий также наказуемы. Действия Федерального казначейства и Росфиннадзора могут быть обжалованы в суде или административном порядке, а их должностные лица несут уголовную, административную и дисциплинарную ответственность за свои действия. Руководители и аудиторы Счетной палаты РФ, при выявлении недостоверности информации, могут быть освобождены от должностей по решению Государственной Думы или Совета Федерации.