Местность при впадении реки Серта в реку Кия была обжита чулымскими татарами с древних времен. На правом берегу Кии, напротив современной деревни Дмитриевка располагались юрты Подаикские. В юртах проживали ясачные татары Курчиковой волости.
В XVII веке здесь пролегала дорога в «кыргызскую землицу», а в конце 30-х гг. XVIII века по указанию правительства был проложен почтовый тракт, при этом в юртах Подаикских учреждена почтовая станция.
Зимой 1740 года следуя из Красноярска в Томск знаменитый «отец сибирской истории» Г.Ф. Миллер записал, что после почтовой станции на реке Тисуль, через 43 версты была следующая станция под названием Аикский станок. Согласно сведений Г.Ф. Миллера Аикский станок находился в татарской деревне Аик-аул «на восточном берегу Кии, в четырех верстах от устья реки Серди». В это время Аик-аул, который можно уверенно ассоциировать с юртами Подаикскими состоял из 11 татарских юрт и домов. На жителей Аик-аула была возложена подводная повинность, в частности они осуществляли переправу на противоположный берег реки Кия.
В восточном направлении дорога от Аикского станка вела к устью реки Серта и далее проходила вдоль берега этой реки. Примечательно, что мост через реку Кия и современная автомобильная дорога пролегают приблизительно по маршруту, проложенному еще в те далекие времена.
В конце 50-х, начале 60-х гг. XVIII века почтовый тракт был «спрямлен» и стал проходить через село Кийское. В результате этой оптимизации, Аикская станция была упразднена, а ее жители были освобождены от подводной гоньбы. Несмотря на это юрты Подаикские продолжили свое существование. Они упоминаются в окладных ясачных ведомостях за 1751 год, записаны в «Списке населенных мест Колыванской губернии» за 1782 год, отмечены на картах 1784 и 1798 годов. В 40-е годы ХIХ века юртовое селение Подаикское было преобразовано в инородческую деревню Подаик.
В 1807 году в Кийскую волость прибыла большая партия добровольных переселенцев из Кавказской губернии, которые выбрали себе несколько пустопорожних мест для поселений, в том числе участок земли в устье реки Серта, недалеко от юрт Подаикских.
Селение «кавказских переселенцев» получило название деревня Усть-Сертинская. Неофициально деревня именовалась также Нижняя Серта, что отличало ее от деревни Верхне-Сертинской (Усть-Колбинской). Самое раннее упоминание деревни Усть-Сертинской в приходских документах относится к октябрю 1808 года.
Первопоселенцами деревни Усть-Сертинской стали около 20 семей «кавказских переселенцев»: Брюхановы, Воронины, Вонюковы, Гапоновы, Гладких (Гладковы), Захаровы, Зенины, Крицины, Кулагины, Корниловы, Лапины, Леонидовы, Мухортовы, Назины, Помогаевы, Стародубовы, Селины (Селютины), Субботины, Татаркины, Ченских, Чистяковы, Шеховцовы, Шумаковы, Яриловы.
Впоследствии формирование старожильческого населения Усть-Серты продолжилось за счет ссыльных. Так, в 1822 году в деревню Усть-Сертинскую были причислены несколько семей из Херсонской губернии (Дмитренко, Караульные, Бесенко, Задворные, Комащенко, Погрецкие, Кот, Бондаренко). После Январского восстания в царстве Польском и Западных губерниях империи в 1863 году, в Усть-Серту на поселение было водворено более 30 повстанцев (Александрович, Бурдевич, Бурцельский, Виньчевский, Волонтинас, Гинтофт, Гронид, Завацкий, Йокслус, Кактус, Качинский, Кирлич, Китчинский, Кучинек, Мацкевич, Мачус, Морковский, Нурчик, Пасмус, Пац, Радзикевич, Ревинский, Секвивинский, Сквиро, Станкевич, Стокело, Стоня, Сырутин, Флиндер, Широкий).
Добровольных переселенцев в Усть-Серте было значительно меньше, чем ссыльных. Массово переселенцы из центральных губерний России стали заселяться в Усть-Серту только с середины ХIХ века. Так, в 1855-1856 годах в деревню Усть-Сертинскую приселились выходцы из Пензенской губернии.
В конце 50-х гг. ХIХ века Усть-Серта получила статус села, в котором к этому времени уже числилось 887 душ обоего пола, из них 235 ссыльных. Большую часть населения составляли великороссы. Кроме этого, по сведениям 1859 года в селе проживало 108 малороссиян. Также в числе жителей села были мордва, поляки и белорусы.
Таким образом, начальной датой образования села Усть-Серта следует считать 1808 год, а его основателями переселенцев из Кавказской губернии.