После подписания мира, Кутузов из Бухареста отправился в свое имение, однако по вторжении Наполеона в русские пределы прибыл в Петербург.
В Петербурге Александр назначил Кутузова главнокомандующим над войсками в Петербурге, Кронштадте и Финляндии. Единодушно он был выбран дворянством Предводителем ополчения Петербургской губернии.
В России на тот момент было четыре армии – 1-ая под началом Барклая де Толли, 2-ая Багратиона, 3-я – Тормасова и 4-я Чичагова. Кроме этого, составлялось ополчение в 17 российских губерниях. Ввиду обеспечения единоначалия, Александр поручил специальному комитету из шести сановников составить предложения по единому предводителю всеми российскими силами. Участники комитета единогласно признали Кутузова, как единственного достойного кандидата в главнокомандующие. Именным рескриптом Александр указал: «Избирая вас для сего важного дела, я прошу Всемогущего Бога, да благословит деяния ваши к славе российского оружия, и да оправдает тем счастливые надежды, которые отечество на вас возлагает».
Кутузов, по свидетельствам, в кругу родных сказал: «Я не оробел и с помощью Божией надеюсь успеть, но слушая Государя, я был растроган новым назначением моим».
По пути к армии Кутузова приветствовали пожеланиями победы толпы народа, а близ Гжатска местные жители сами впряглись в его карету и везли на себе в город.
Узнав о назначении Кутузова, Наполеон стал готовиться к генеральному сражению.
В день Бородинского сражения Кутузов абсолютно верно почувствовал критический момент, когда Наполеон принял решение ударить гвардией и завершить бой победой. Кутузов выехал на лошади на пригорок и осмотрел движения врага. После этого он отдал свой известный приказ о фланговом рейде конницей Платова и Уварова, который изменил ход сражения. Хотя в материальном смысле этот маневр был мало результативен, Наполеон был поколеблен в своей решимости и гвардию остановил. «Император забыл свое ремесло», - говорили маршалы. Скорее, русская армия во главе с национальным главнокомандующим не позволила противнику реализовать свои возможности и замыслы.
После Бородинского сражения Кутузову был присвоен чин генерал-фельдмаршала, 100 тыс. рублей и пожалование его супруги в статс-дамы.
Однако, при получении донесений о бородинских потерях, Кутузов приказал отступать. По его решению на совете в Филях была оставлена Москва. «С потерею Москвы не потеряна Россия. Первою обязанностью поставляю сохранить армию и сблизиться с войсками, идущими нам в подкрепление. Самым уступлением Москвы приготовим мы гибель неприятелю. Из Москвы я намерен идти по Рязанской дороге. Знаю, ответственность обрушится на мне, но жертвую собою для блага Отечества. Приказываю отступать», - этими словами Кутузов завершил совет.
Об истинном отношении Императора в это время свидетельствует его письмо к сестре, перед которой ему притворяться не имело смысла. 18 сентября 1812 г. Император писал:
«В Петербурге я нашел всех за назначение главнокомандующим старика Кутузова; это было единодушное желание. Так как я знаю Кутузова, то я противился сначала его назначению…». «… мне нельзя было не выбрать из трех генералов, одинаково мало подходящих в главнокомандующие, того, за которого были все». «До назначения Кутузова я твердо решил вернуться к ней (к армии), а отказался же от этого намерения лишь после этого назначения, отчасти по воспоминанию, что произошло при Аустерлице из-за лживого характера Кутузова…». «Даже после известия о битве 26 числа (при Бородине) я выехал бы тотчас (в Москву), не напиши мне Кутузов в том же рапорте, что он решил отступить на 6 верст, чтобы дать отдых войскам. Эти роковые 6 верст, отравившие мне радость победы, вынудили меня подождать следующего рапорта; из него я увидел ясно только одни бедствия».
По всей видимости, Император, собираясь в Москву, всерьез полагал, что его появление заставит отступить неприятеля!
По завершении Тарутинского маневра, перед приездом посланника Наполеона маркиза Лористона в русский лагерь, Кутузов приказал армии разжечь много огней, что казалось, что в лагере стоит более 200 тысяч человек. Отдельные полки были размещены так, чтобы произвести впечатление о великом множестве войск. Было велено варить кашу с мясом и петь песни. Лористон проехал через русский лагерь, обозревая эту бодрую картину.
После победы в четырехдневном сражении под Красным, в награду за действия Кутузова в Смоленской губернии, российский Император повелел именоваться ему Смоленским.
При дальнейшем отступлении, переправе через Березину, предводитель французской армии Мюрат 30 ноября прибыл в Ковно. Здесь распалась даже наполеоновская гвардия, от которой осталось под ружьем всего около 500 человек. Сам Наполеон уже находился по пути в Париж.
По занятии Вильно, Александр отправился туда из С.-Петербурга. Кутузов встретил его в полном генеральском облачении, и они рука об руку прошли во дворец. После выхода Кутузова из кабинета Государя, фельдмаршалу был поднесен орден Св. Георгия 1-ой степени. На следующий день Император присутствовал на бале у Кутузова. С этого момента встречи Императора и Кутузова стали ежедневными.
В Калише Кутузов стал чувствовать себя больным. В те дни, когда он не мог выезжать, Александр посещал его и занимался делами в его кабинете.
На переправе через Одер Александру поднесли лавровый венок, который он отослал Кутузову.
По свидетельству очевидца, при главной квартире в Калише, при выходе к разводу, Государь, как только Кутузов выходил из свей квартиры, спешил к нему навстречу, его обнимал, и, становясь при разводе на правый фланг, отдавал ему честь.
Получив известие о плохом состоянии Кутузова, Александр приехал к нему и у них состоялось последнее свидание. По некоторым данным, Царь попросил у своего полководца прощения, на что тот ответил: «Я Вам прощаю, Государь, но Россия Вам этого не простит».
Будем надеяться, что происшедшие события и окружающая обстановка изменили отношение Царя к национальному полководцу в лучшую сторону, и по крайней мере, в последние недели жизни Кутузова Царь не притворялся. А что касается последних слов Кутузова Царю, думается, что он имел ввиду в целом войну 1812 г., приведшую к разорению государства и народа, и к избежанию которой, вероятно, имелись возможности и средства.