Василий Иннокентьевич известен в первую очередь как научный деятель Иркутска, исследователь Сибири. Большую часть жизни он посвятил преподаванию в Иркутском государственном университете, а также организации работы Иркутского областного краеведческого музея. Но начинал он свой научный путь в Казани.
Родился Василий Иннокентьевич в Иркутске в семье известного краеведа, священника и востоковеда Иннокентия Александровича Подгорбунского. Его отец был активным деятелем и одним из организаторов Восточно-Сибирского отделения Русского географического общества. Здесь были опубликованы его работы по этнографии и религиозным особенностям бурят и монголов. Возможно, деятельность отца повлияла на увлечения молодого Василия, и выбор будущего места учебы был связан именно с этим.
Окончив Иркутскую гимназию, в 1912 году он поступил в Казанский университет на естественное отделение физико-математического факультета, специализируясь по географо-этнологическому циклу. Здесь он познакомился с деятельностью Общества естествоиспытателей и Общества археологии, истории и этнографии. Эти два научных сообщества имели достаточно обширный опыт в изучении археологии и этнографии Поволжья и Урала, а с началом ХХ века в поле научных интересов обществ попадает и Сибирь. Общество естествоиспытателей и ОАИЭ снаряжают туда свои экспедиции. Что интересно, зачастую руководителями этих экспедиций были студенты, в дальнейшем ставшие видными учёными.
В 1913 году Василий Иннокентьевич начинает свои первые экспедиционные исследования. По заданию Общества естествоиспытателей он изучает археологические памятники долины рек Куды, Иркута и Шилки. Им были собраны коллекции от неолита до конца бронзового века и переданы в музеи Казанского университета. В 1917 году Василия как выдающегося студента отправляют в Московский университет для прохождения дополнительных курсов по этнографии и археологии Восточной Сибири. После их завершения он отправляется в новые экспедиции.
Теперь объектом его исследования становится этнография народов Якутии. Подгорбунский проходит довольно длинный и сложный маршрут: Якутск – Усть-Мая – устье р. Алдана – Якутск. В ходе экспедиции он собирает фольклор местных народов, а также получает образцы украшений, традиционной одежды и музыкальных инструментов.
В 1918 году Подгорбунский поступил в Казанский Северо-Восточный институт. Он слушает курс лекций по музейному делу, этнографии, археологии и истории. Параллельно с учебой Василий Иннокентьевич начинает преподавать сам. В 1918 году он читает курс лекций по этнографии в Казанском народном университете, продолжает вести экспедиционную деятельность. Несмотря на Гражданскую войну, в 1919 году он вновь отправляется в экспедицию в Сибирь, раз в долину рек Маи и Алдана. Привезенные этнографические и археологические коллекции он передает в музей ОАИЭ.
После завершения учебы в 1921 году молодой, но уже опытный ученый возвращается к себе на родину в Иркутскую область. С этого года вся его исследовательская деятельность будет связана с Иркутским государственным университетом и областным краеведческим музеем. В университете он принял участие в работе кружка народоведения, созданного Б.Э. Петри. Среди выпускников-кружковцев – будущие известные ученые такие как А.П. Окладников, М.М. Герасимов, Г.Ф. Дебец, Э.Р. Рыгдылон, Г.П. Сосновский, Н.А. Флоренсов.
Василий Иннокентьевич продолжает ездить в экспедиции. Теперь свои коллекции он передает в Иркутский краеведческий музей. Он полностью упорядочил, систематизировал и атрибутировал более ранние материалы. В настоящее время значительная часть археологического и этнографического фондов Иркутского краеведческого музея — это материалы из экспедиций В.И. Подгорбунского, многие из которых вошли в фундаментальную монографию А.П. Окладникова «Неолит и бронзовый век Прибайкалья». Кроме того, Василием Иннокентьевичем был основан минералогический кабинет в университете, на основе которого позже будет создан геологический музей.
Коллекции В.И. Подгорбунского, переданные ОАИЭ, до сих пор хранятся в музеях Казанского федерального университета и представляют интерес для современных исследователей. Бóльшая же часть сборов Василия Иннокентьевича хранится в Иркутском областном краеведческом музее. Многие материалы еще не введены в научный оборот, что открывает перспективы для исследований будущих археологов, этнографов и музейных специалистов. Несмотря на то, что в 1961 году не заметно для многих современников Василий Иннокентьевич ушел из жизни, его наследие ценно его потомкам и последователям сейчас.