Вуз ведет свою историю с 19 сентября 1940 года, со дня формирования на базе Московского технического училища гражданского Воздушного Флота - 2-й Московской Военной Авиационной Школы Механиков Спецслужб, с местом дислокации в городе Тушино Московской области (Приказ НКО СССР №х323 от 19.09.1940 г.). Формирование закончилось 1 февраля 1941 года.
С началом Великой Отечественной войны в октябре 1941 года школа была эвакуирована в п. Абдулино Чкаловской (ныне Оренбургской) области для дальнейшего обучения личного состава.
Приказом Народного комиссара обороны СССР № х49 от 5 февраля 1941 года школа переименована во 2-ю Московскую Военную Авиационную школу Авиамехаников Спецслужб Военно-Воздушных Сил Рабоче-крестьянской Красной Армии (ВВС РККА).
В 1943 году в результате победоносного наступления войск Красной Армии фронт отодвинулся на запад. Это создало условия для возвращения военно-учебных заведений в прежние места дислокации.
7 марта 1943 года школа авиамехаников возвратилась в г. Тушино Московской области.
В октябре 1943 года Государственный комитет обороны (ГКО) СССР принимает решение о переводе Тушинской школы в город Серпухов Московской области.
Как символ воинской чести, доблести, славы 18 августа 1944 года школе было вручено на вечное хранение Красное Знамя и Грамота Президиума Верховного Совета СССР.
В период с 1946 по 1948 год осуществляется переход к подготовке механиков по специальному оборудованию боевых машин реактивной авиации – это шаг к будущим специалистам ракетчикам 60-х годов.
В соответствии с директивой Генерального штаба ВС СССР № орг/5/96511 от 23 декабря 1948 года 2-я Московская авиационная школа авиамехаников спецслужб преобразована в Серпуховское военное авиационно-техническое училище спецслужб ВВС СССР, которое стало готовить офицеров-техников со средним военно-специальным образованием.
В соответствии с приказом МО СССР №хх119 от 31 декабря 1959 года с 15 марта 1960 года училище вошло в состав Ракетных войск стратегического назначения.
Приказом Министра обороны СССР от 10 марта 1962 года № 0027 Серпуховское училище было преобразовано в Серпуховское высшее военное командно-инженерное училище с двумя факультетами.
В октябре 1968 года училищу было присвоено имя Ленинского Комсомола, а в 1972 году училище награждено Памятным юбилейным знаком «50 лет СССР».
В 1971 году был сформирован третий факультет.
В 1977 году формируется четвертый факультет.
Приказом Министра обороны СССР № 0143 от 13 июня 1981 года Серпуховское высшее военное командно-инженерное училище имени Ленинского комсомола переименовано в Серпуховское высшее военное командно-инженерное училище Ракетных войск имени Ленинского комсомола.
Постановлением Правительства Российской Федерации № 1009 от 29 августа 1998 года и в соответствии с Приказом Министра обороны Российской Федерации № 417 от 16 сентября 1998 года Серпуховское высшее военное командно-инженерное училище Ракетных войск имени Ленинского комсомола преобразовано в Серпуховской военный институт Ракетных войск. 12 апреля 2008 года институту вручено Боевое Знамя нового образца.
С 15 июля 2009 года Серпуховской военный институт Ракетных войск вошел в состав Военной академии РВСН имени Петра Великого в качестве обособленного структурного подразделения.
В соответствии с Постановлением Правительства Российской Федерации от 11 ноября 2009 года № 1695Р и директивой Министра обороны Российской Федерации от 29 января 2010 года № Д-6 дсп институт преобразован в филиал Военной академии РВСН имени Петра Великого.
В 2010 году в филиале академии создан пятый факультет, в состав которого вошли специальности, по которым готовил специалистов связи для РВСН расформированный Ставропольский военный институт связи Ракетных войск.
9 мая 2010 года личный состав филиала академии в первый раз принял участие в Параде на Красной площади, посвященный Победы советского народа в Великой Отечественной войне 1941-1945 годов.
В целях повышения качества обучения и оптимизации организационно-штатной структуры вуза, в ноябре 2015 года сформирован учебный батальон курсантов (среднего профессионального образования), который выпускает специалистов-техников во все части и подразделения ВС России (срок обучения 2 года 10 месяцев) с присвоением воинского звания прапорщик.
Становление и развитие вуза неразрывно связано с историей страны и её Вооруженных Сил. Система обучения всегда шла и продолжает идти в ногу с военно-промышленным комплексом страны. Базовым ракетным комплексом для изучения в 80-е годы был «Пионер», в конце 80-х годов - «Тополь», а с 90-х годов еще и «Тополь-М». С 2015 года факультеты филиала академии приступили к подготовке специалистов для перспективных ракетных комплексов «Ярс» подвижного и стационарного базирования.
С 1941 года дата 23 февраля установлена, как годовой праздником вуза (приказ Народного комиссара обороны СССР от 5 февраля 1941 г.).
За свою многолетнюю историю ВУЗ подготовил более 30000 офицеров-ракетчиков, из них более 55 стали генералами, более 40 – докторами наук, командовали объединениями и соединениями РВСН. Среди выпускников вуза: Среди выпускников вуза: 3 героя Советского Союза 2 героя России, 1 Кавалер ордена Мужества и 1 Кавалер ордена красной звезды.