В конце 1900 года севастопольский градоначальник получил разрешение от Министерства внутренних дел на строительство «римско-католической церкви» в городе.
Предполагалось, что здание построят на почти пустом месте на улице Большой Морской. Чтобы проект был дешевле, решили потолок, пол и другие конструкции сделать деревянными. Через полгода проект одобрили. А в 1903 году храму был продан другой участок на нынешней площади Ушаковой. Более просторное место было необходимо прихожанам, поскольку в Севастополе насчитывалось около 3000 католиков. В новом проекте деревянный пол решили поменять на бетонный. Строительство продолжалось, и только в 1911 году комиссия во главе с губернским архитектором Савиничем «освидетельствовала» здание и признала, что оно построено «прочно и правильно из материалов хорошего качества согласно проекту» и разрешила богослужения.
В этом же году в новом храме отпевали знаменитого лётчика штабс-капитана Матыевича-Мациевича, а 3 марта 1915 года французского консула Луи Антоновича Ге, который содействовал возвращению херсонесского колокола, увезённого в Крымскую войну французами, и долгое время находившегося в Париже на соборе Нотр-Дам.
У общины было тяжёлое финансовое положение, не было священника – всё это привело к тому, что в 1936 году президиум Севастопольского городского Совета постановил ликвидировать костёл и передать помещение тресту Трансэлектро для трансформаторной подстанции.
По архивным записям известно, что здание ещё принадлежало католикам до 1938 года. В годы Великой Отечественной войны костёл, как и другие постройки в Севастополе, пострадал. Степень разрушения составила 50%.
До 1958 года там находился склад Севастопольского коопторга, на котором хранились «томат и паста». Затем город принял решение отремонтировать здание и расположить там кинотеатр «Дружба». Его закрыли в 2006 году. А здание признали позже объектом культурного наследия.